加入WTO標志著我國對外開放進入了一個新階段。在此背景下，保障國家糧食安全面臨著諸多新的挑戰，壓力進一步增大。
⒈國內外糧價差距大，國內生產面臨國際競爭壓力
在市場經濟條件下，相對價格是決定套利交易和國際貿易的一個關鍵因素。小麥和玉米的國內價格在入世后的大多數年份高于國際價格。2009年小麥和玉米國內價格折合為每噸235美元和269美元。同期，國際市場價格分別為每噸194美元和146美元，國內價格分別高出國際價格41美元和123美元。我國稻谷價格2009年5月低于國際市場價格228美元，到2010年5月價差縮小為78美元，價格優勢在明顯縮小。
人民幣升值將使進口的農產品價格降低，從而我國小麥和玉米的競爭劣勢將進一步擴大，稻谷的競爭優勢將縮小甚至消失。不僅如此，國際農產品的競爭優勢還表現在品質上，其標準化生產和無公害、有機農產品的優勢是不可忽視的。
世界主要糧食出口國一直希望進入中國市場，而我國主要糧食品種一旦出現大量進口的局面，將面臨著糧食生產和流通被操縱的極大可能。大豆就是一個典型的例子，國際糧商通過控制生產或流通環節，不僅打擊了我國豆農和油脂加工企業，獲取高額利潤，而且使我國大豆和豆油價格劇烈波動。
⒉農業生產的比較劣勢對糧食安全構成威脅
從勞動生產率的角度看，目前我國農業和非農產業與發達國家相比都存在著一定的差距。同時，農業勞動生產率的差距相對于非農產業而言更為明顯。因此，在我國經濟發展中就客觀地存在著出口工業品、進口農產品的內在動力。這種農業生產的比較劣勢對維護我國的糧食安全是不利的。
以日本為例。相對于美國來說，日本工業品生產具有比較優勢，而農產品生產具有比較劣勢。基于此，日本更傾向于生產和出口工業品，進口農產品。這導致了日本的耕地面積大幅減少，由上世紀50年代中期的608萬公頃，降到2006年的467萬公頃。不僅如此，耕地的復種指數明顯降低，在土地短缺的情況下依然出現棄耕拋荒現象。這是導致日本目前的糧食自給率不足30%，糧食安全問題凸顯的重要原因。
我國農業生產與日本屬于同一類型，而且相對于日美間的勞動生產率差距，我國農產品生產的比較劣勢更為突出。這就意味著，我國經濟發展容易形成“重工輕農”的傾向，因而盡管確保了18億畝耕地紅線，但在農業比較劣勢的壓力下難以從根本上遏制棄耕拋荒現象。
⒊難以依靠國際糧食市場解決糧食安全問題
從上面的分析可以看出，一方面，國際勢力有著進入并控制我國糧食生產和流通的沖動；另一方面，在農業比較劣勢的作用下，地方政府有著“重工輕農”的傾向。由此，通過糧食的國際貿易滿足國內糧食需求似乎就順理成章了。但從更深的層面來看，這其實難以實現。
其一，世界每年的糧食貿易總量不足以滿足我國的糧食需求。近年來的全球年糧食貿易量僅相當于我國糧食需求量的50%左右。不僅如此，世界主要糧食品種的出口集中在以美國為首的少數幾個國家。無論從糧食安全還是經濟安全的角度考慮，依靠進口來滿足國內糧食需求都是不現實的。
其二，國際糧食價格在大起大落中維持高位運行。隨著經濟全球化的深入發展，影響國際糧食價格的因素日益復雜。近年特別是國際金融危機以來，以美國為代表的主要糧食出口國加快了生物能源技術的研發和產業化。生物燃料的興起為糧食開辟了新的用途，從而擴大了糧食需求，改變了以往由傳統的糧食需求與供給共同決定國際糧食價格的格局。當國際糧食價格下跌時，糧食出口國依托于生物燃料生產對糧食的新需求而減少出口，從而抑制了國際糧價的下跌。由于糧食的這一新用途，糧食出口國在維持糧食價格方面越來越處于主動地位。
一旦依靠進口來滿足國內糧食需求，以我國的需求規模來看，必將拉高國際糧食價格。這一方面不利于自身，必然導致國內糧價普遍大幅上漲，引發通貨膨脹，影響社會和諧穩定；另一方面也損害了依靠糧食進口的其他發展中國家利益。
⒋國際規則賦予我國扶持農業發展的空間狹小
對于中國這樣的大國而言，不可能依靠糧食國際貿易來保證自身的糧食安全，而必須堅持立足國內實現糧食基本自給的方針。因此，對農業予以有效的保護和扶持十分必要。然而，從國際規則來看，其賦予我國扶持農業發展的空間將十分有限。
按照世貿組織規則，我國須取消“紅箱政策”，即價格補貼和進出口補貼。目前可運用的“黃箱政策”又有著嚴格的上限，用綜合支持總量來衡量，對特定農產品的支持總量不能超過該產品相關年份生產總值的8.5%，對所有農產品的支持總量不能超過相關年份農業生產總值的8.5%，我國目前的“黃箱補貼”已近飽和。
