1994年實現分稅制改革后，為解決地區收支均衡問題，國家開始實現轉移支付制度。1995年，隨著中央財政收入占全國財政收入比重的提高，中央財政宏觀調控能力的增強，我們在立足我國國情的基礎上，借鑒成熟市場經濟國家經驗，開始建立了一般性轉移支付制度。
這一制度的建立，改變了一對一談判、討價還價的理財方式，樹立了規范、公正、透明的理財觀念，增強了財力薄弱地區基層財政的保障能力，加快了公共服務均等化進程，推動了社會主義和諧社會建設，促進了經濟社會的持續協調發展。
2009年，地方政府轉移支付占地方政府總的支出額是47%，即地方政府每支出100塊錢里，有47塊錢是中央政府轉移支付的。
轉移支付分兩種，一般性轉移支付和專項轉移支付。一般性轉移支付往往是比較透明，是根據公式計算的，比如義務教育、公共衛生等方面的資金缺口，中央政府可以根據人頭標準算出。專項轉移支付是與許多中央部門掌握的專項資金相聯系的，其使用不透明，容易受到各地政府和企業的“跑部錢進”的影響。
隨著中國經濟的發展，在財政轉移支付過程中出現的各種問題已經引起社會的高度關注，尤其是巨額資金在各級政府間轉移其安全問題、效率問題、透明度問題更加突出。
中國社科院副院長李揚認為，轉移支付需要建立一套完整的制度化的程序，而現在大部分基于項目的轉移支付存在很大的弊端，加重了“跑部錢進”的現象。一定程度上增加了財稅部門犯錯誤的可能性。
全國人大預算工作委員會預決算審查室主任夏光透露，中央的財政收入已占到全國財政收入的52.4%的水平，但中央本級的財政支出不到20%，大量的資金通過體制收上來，再轉移到地方去。這么多的資金，在各級政府間轉移，它是很不安全、很不經濟、很不效率的。
如何完善轉移支付制度，使之更加合理、安全和透明成為關鍵。夏光認為，有三個問題需要重視。
第一，財政轉移支付的功能定位一定要有法律的規定。在西方發達國家，不管是憲法還是其他的法律中，對在什么條件下進行財政轉移支付，在什么條件下進行一般性轉移支付，什么條件下進行專項轉移支付都有很明確的規范。如果沒有清晰的法律規定，它就像一個筐，什么東西都往里裝。這是很不規范的。
第二，一定要建立優化的結構。現在專項轉移支付占到整個轉移支付的比重的50%多，大部分的錢是通過立項，通過審批的模式進行轉移，這樣在管理上存在很多問題。從規范的轉移支付制度考慮，應該確立一個合理的財政轉移支付的規模。
第三，2010年中央的財政轉移支付已經達到了3萬多億，它還會持續增長。所以對財政轉移支付制度的分配、管理和使用，它應該逐步走向公開和透明，這也就是我們人大、媒體非常關注的一個問題，分配上一定要公開、透明，讓大家能夠看得到，能夠實施監督。
夏光認為，不光是轉移支付問題需要建立一套更加完善的制度，在研究財政支出方面，有三個問題特別應該引起高度重視。
首先，在調整支出結構前應該劃清中央和地方、政府和市場的責任。“現在政府的財政支出大幅增長，達到7萬多億。我們的債務也在大幅度增長。在這種情況下，我們的政府能否保障這樣的支出水平？到底能達到何種程度，這要劃一個很大的問號。”夏光說。
其次，要建立一個基本的財政支出的制度。夏光表示，多年來，我國的財政支出大幅度增長，民生支出也大幅度增長。但總體來講，很多最基本的支出制度還沒有完全建立起來。今天出一個政策、明天出一個方案，隨意性太強，這樣給我國支出的穩定增長和長效機制的建立造成很大困難。在中國目前這樣一個經濟發展階段和財政收入規模的情況下，應該形成一個最基本的財政支出制度作為先決條件。
第三，建立財政支出的績效評價制度。夏光認為，現在政府正在積極探索這樣一種支出績效評價體系，最重要的是要提供一個財務報告的制度，就是政府的資產和負債的狀況是怎樣的，每一筆錢花的是否有效，支出一定要講求效率。
分稅制改革應深入下去、進行到底