京滬高鐵是我國“四縱四橫”鐵路客運專線南北向主骨架，途經北京、天津、河北、山東、安徽、江蘇、上海4省3市，正線全長1318公里，設計時速350公里，概算總投資2176.30億元，2008年4月正式開工。鐵道部所屬京滬高速鐵路股份有限公司(京滬公司)是項目建設單位，沿線各省市地方政府負責本省市境內征地拆遷工作，征地拆遷費用作價入股京滬公司。
截至2010年6月，全線累計提供永久用地63030畝，完成拆遷723.9萬平方米，線下工程基本完工。累計完成投資1384億元，占計劃1633億元的85%，其中工程投資1050億元、征地拆遷投資334億元。
根據《中華人民共和國審計法》的規定，審計署于2010年5月至7月對京滬高速鐵路(以下簡稱京滬高鐵)建設項目進行了階段性跟蹤審計。在此次時長為2個月的跟蹤審計中，審計署共發現七大問題：
提前進場開工
一、南京大勝關長江大橋工程土建及監理1標、京滬高鐵咨詢業務、南京南站應急工程土建及監理1標的招標時間分別為2006年7月、2007年12月、2008年12月，但中鐵大橋局、中鐵十三局、鐵科院(北京)工程咨詢有限公司等中標單位在此前的2006年3月、2006年2月、2008年3月就已分別進場開始工作，涉及合同金額44.46億元。
2009年6月，鐵道部工程設計鑒定中心發布準入鐵路客站裝修裝飾和幕墻工程施工企業名錄后，京滬公司在曲阜東、常州北等站房工程招標中與名錄內中鐵建工集團有限公司、中鐵建設集團有限公司2家企業簽訂站房裝修裝飾工程合同6份，排斥了潛在投標人，涉及金額4.9億元。
挪用資金 偽造、代開發票
二、個別施工單位及個人轉移挪用公款和建設資金1.87億元及其他相關問題，涉嫌違法違紀。
三、中鐵一局、三局、四局、八局、十一局、十二局、十三局、十七局、十八局、十九局、二十四局和北京建工集團、中建股份有限公司、中交第四公路工程局有限公司、中交路橋北方工程有限公司和山東電力工程咨詢院等16家施工單位在砂石料采購、設備租賃等業務中，使用虛開、冒名或偽造的發票1297張入賬，金額合計3.24億元。如2008年3月至2010年7月，中鐵十七局、十八局和十九局等3家施工單位對采購招標和發票審核工作不嚴，導致6名個體供應商以偽造工商營業執照等方式獲取砂石料供應業務，又以偽造、代開發票386張入賬，金額合計2.16億元。
上述單位中，中鐵一局、三局、四局、十二局、二十四局和中交第四公路工程局有限公司、中交路橋北方工程有限公司7家單位在2009年審計時就發現類似問題，去年又查出虛假發票365張，金額5312.95萬元。
未開工先結算工資
四、京滬公司對尚未實施的工程辦理工程款結算，涉及金額5608.07萬元。其中：濟南黃河大橋堤壩加固主體工程至審計時尚未實施，京滬公司與中鐵一局及有關單位在2009年第四季度就按合同價款結算了全部工程款1230.66萬元；上海封浜河河道改移工程2008年10月才開始施工，但京滬公司與中國交通建設股份有限公司及相關單位在當年第一、二季度就按合同價結算了工程款4377.41萬元。
五、京滬公司未按合同約定扣回物資供應合同履約保證金5558.74萬元。2007年12月至2010年6月，京滬公司組織簽訂的363份甲供物資采購合同中，有13份存在乙方未按合同履約的現象。這些合同的平均履約率為22%，最低履約率僅0.8%，京滬公司未按合同約定扣收其中11家中標商的履約保證金5558.74萬元。
審計指出上述問題后，相關單位的履約保函已經失效或被京滬公司退回，上述資金已難以追回。
工程監理不到位 環境毀壞
六、部分工程監理不到位。其中：上海虹橋站的監理單位上海天佑工程咨詢有限公司和上海建科建設監理咨詢有限公司，有37名監理人員職稱或執業資格不符合投標承諾要求；北京賽瑞斯國際工程咨詢有限公司在監理天津西站站房工程項目時，承諾派出監理人員中高級職稱、中級職稱、監理師(工程師)分別占47.4%、52.6%、84.7%，實際僅占15%、25%、40%；濟南西站的監理單位山東濟鐵工程建設監理有限責任公司的9名監理人員，同時在兩個標段承擔監理工作；土建2標監理單位華鐵工程咨詢有限責任公司對部分施工單位進場設備未進行檢驗。
七、南京樞紐工程未按初步設計要求，將167萬立方米棄土交給南京市統一處理，其中64萬方被用于填放水塘和低洼地，19萬方被填放于山間泥塘，其余被填放于山間洼地溝壑，影響了當地水土環境。此外，由于未按環境影響報告書批復要求及時完成穿越牛首祖堂風景區的景觀設計，影響了韓府山隧道環保措施的實施。
據了解，審計署將在2011年6月開始對京滬高鐵建設項目進行新的一年跟蹤審計。今年將重點檢查去年審計查出問題的整改情況，關注招投標、設備材料采購等制度的健全和落實情況。