國務院辦公廳
國務院所屬各部委（27個）
外交部
國防部 發展改革委 教育部 科技部 工業和信息化部 國家民委 公安部 安全部 監察部
民政部 司法部 財政部 人力資源社會保障部 國土資源部 環境保護部 住房城鄉建設部
交通運輸部 鐵道部 水利部 農業部 商務部 文化部 衛生部 人口計生委 人民銀行 審計署
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監察部與中共中央紀檢委機關合署辦公，機構列入國務院序列，編制列入中共中央直屬機構。
國務院直屬特設機構
國資委
國務院直屬機構
海關總署 稅務總局 工商總局 質檢總局 廣電總局 新聞出版總署 （版權局） 體育總局
安全監管總局 統計局 林業局 知識產權局 旅游局 宗教局 參事室 國管局 預防腐敗局
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國家預防腐敗局于2007年9月13日宣布成立，列入國務院直屬機構序列，在監察部加掛牌子。
國務院辦事機構
僑辦 港澳辦 法制辦 國研室 臺辦 * 新聞辦 * 檔案局 *
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國務院臺灣事務辦公室與中共中央臺灣工作辦公室、國務院新聞辦公室與中共中央對外宣傳辦公室，一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機構序列。國家檔案局與中央檔案館，一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機關的下屬機構。
國務院直屬事業單位
新華社 中科院 社科院 工程院 發展研究中心 行政學院 地震局 氣象局 銀監會 證監會 保監會
電監會
社保基金會 自然科學基金會
國務院部委管理的國家局
信訪局 糧食局 能源局 國防科工局 煙草局 外專局 公務員局 海洋局 測繪局
民航局 郵政局 文物局 食品藥品監管局 中醫藥局 外匯局 煤礦安監局
保密局 * 密碼局 * 航天局 * 原子能機構 * 國家語委 * 核安全局 *
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國家保密局與中央保密委員會辦公室、國家密碼管理局與中央密碼工作領導小組辦公室，一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機關的下屬機構。工業和信息化部對外保留國家航天局、國家原子能機構牌子。教育部對外保留國家語言文字工作委員會牌子。環境保護部對外保留國家核安全局牌子。