由于日本嚴格限制處方藥、特別是治療癌癥等腫瘤的藥品在媒體上做廣告，所以在大眾傳媒上很少看到處方類藥品廣告，為此，日本許多醫藥生產廠商紛紛通過資助科研活動以及聘請醫學界各領域的權威人士講演、授課、舉辦相關講座等方式來宣傳自家產品，提高有關群體對其認知度，達到增加銷量的目的。
在日本，醫藥生產廠商雖然沒有像有些國家那樣直接給醫院甚至開處方的醫生回扣，但也存在著許多潛規則。日本醫藥行業的潛規則主要是通過向醫藥臨床試驗機構、臨床醫療單位捐助研究費用、向各醫學專業學會提供學術研究費用；組織各地的醫生會開辦各專業學科的最新醫療動態以及新藥研發動向和研究成果說明會，并向講師支付高額講課費。醫藥企業通過這些形式增強在研究和醫療機構的影響力。
日本制藥廠家在一種新藥獲得生產許可之后，通常都要通過與各地的醫生會合作，投巨資舉行各種形式的學習會、說明會，邀請在當地或該領域有一定影響力或知名度的大學教授和醫生擔任講師。會議通常在豪華飯店舉行，會后備有豐盛的自助餐，有的廠家還給參加會議的醫生發放“車馬費”。京都一位自開診所的醫生說，學習會、說明會是制藥廠商向掌握處方權的醫生無形施加影響的最重要場所。由于擔任講師的知名醫生接受廠家的講課費，很難確保其公正性。
由于醫藥臨床試驗機構、臨床醫療單位以及在各醫學專科領域有著影響力的醫生，與醫藥生產企業存在著金錢關系，很難保證試驗結果客觀性以及對不同廠家藥品療效的公正性，甚至出現了篡改實驗數據，夸大新藥效果，誤導患者的違法問題。
日本媒體最近揭露出來的一起重大醫藥試驗丑聞震驚日本全國。京都府立醫科大學、東京慈恵會醫科大學、滋賀醫科大學、千葉大學接受委托，為一家制藥公司的一種降壓藥進行臨床療效比較試驗。由于這些大學有關部門接受了該制藥公司總額約為11億日元的研究經費捐助，部分大學在提交研究報告時放水，篡改了接受試驗患者的病歷，夸大了新藥療效，在試驗報告中表示這種降壓藥同時還具有預防腦卒中和心絞痛的效果。而實際試驗結果并不能證明這種降壓藥具有預防腦卒中和心絞痛的輔助療效。
據日本《每日新聞》匯總的調查數據，日本制藥工業協會70家會員企業2012年向醫院等醫療機構以及醫生提供的資金總額高達4827億日元，相當于日本政府當年在醫療領域研究經費的2.5倍，其中用于新藥的臨床試驗費用2471億日元，用于資助學術講演會、醫藥研發動向說明會等1428億日元，提供給各醫學專科學會和課題研究小組的學術研究補助費540億日元。
日本《讀賣新聞》最近發表的深度調查報道表明，2013年日本十大制藥公司用于支付名醫名教授的講課費用高達110億日元，部分知名教授或學科的知名醫生當年每人收取的講課費超過1000萬日元（當年約合10萬美元）。
日本輿論認為，醫藥企業的部分捐款和向醫生支付的講課費具有變相的賄賂性質，應給予嚴格的規范和限制。為此，日本厚生勞動省等有關方面從去年開始加強了對醫藥企業的監管力度，嚴厲打擊醫療機構和醫務人員收取醫藥廠商好處費的行為，規定制藥企業必須及時、如實地公布向所有醫學研究和醫療機構提供捐款或研究費用的情況；向醫生提供10美元以上的金錢、有價證券或物品，都必須報告并公布；任何機構和個人都有權查閱醫療相關機構和醫生接受醫藥企業捐款、研究費用、助學金等經濟資助情況等。
