滬港通實施初期雖然沒有預想火爆，但既然滬港兩市打通了雙向流通管道，其對兩市的影響無疑是積極而又長遠的，即使目前滬港通成交量還沒有上來，也不是大問題，因為只要發展規范，在適當的市場氣氛下交易總會活躍起來。當下關鍵問題是，要防止跨境監管制度漏洞引發市場風險，夯實兩市雙向開放的制度基石。
滬港通目前的監管制度，首先明確了監管規則適用的“主場原則”，這方面主要體現在《滬港通滬港股票市場交易互聯互通機制試點若干規定》第三條上，比如，按此規定，上市公司在哪里上市，上市公司及其股東就按照上市所在地原則進行監管。
其次《上海證券交易所滬港通試點辦法》等明確了交易所對滬港通的自律監管，主要是依靠提請對方交易所對其市場主體采取監管措施來實現，比如滬股通中情節嚴重的違規行為，上交所可以進行調查、提請聯交所對參與者采取適當的調查措施，然后還可提請聯交所對其參與者實施相關監管措施、紀律處分;若港股通交易中出現情節嚴重的市場失當行為，依同樣的原則處理。
其三在跨境執法方面，中國證監會與香港證監會簽署《滬港通項目下加強監管執法合作備忘錄》，以打擊虛假陳述、內幕交易、操縱市場等跨境違法違規行為。《備忘錄》明確了“線索與調查信息通報、協助調查、聯合調查、雙方互為送達有關文書、協助執行”等多項機制，比如，《備忘錄》規定雙方對另一方提出的協助調查請求，應給予及時、充分、有效的協助，協助提供的資料包括相關書證、證人證言、當事人的陳述、鑒定結論等;遇涉重大緊急案件或處于雙方管轄區，雙方可啟動聯合調查程序。另外，目前內地與香港有關法律文書跨境傳遞的司法協助較為局限甚至空白，《備忘錄》規定中國證監會可為香港證監會送達一些需要傳遞給境內主體的一些法律文書，反之亦然，這填補了一些制度空白。
不過，滬港通跨境監管制度還遠沒有到十全十美地步，還存在一些問題，需要從理論和實踐兩個層面予以論證和研究解決。
一是協助調查提供證據材料的有效性問題。滬港兩市法律制度規則有很大不同，甚至監管層對內幕交易、市場操縱等違法違規行為的定義、認定辦法、認定標準都不大一致，這樣，一方請求另外一方協助調查，或者雙方組成聯合調查組時，調查人員著眼搜集的證據材料就可能大不相同，加上其他各種原因，就可能引發如下問題：一方收集的協助調查材料是否可以作為另外一方的監管或行政處罰依據?如果證據不可靠發生錯案怎么辦?
二是跨境執法如何協助執行缺乏可操作性制度。如果在香港市場的投資者通過滬港通買賣股票出現違法違規行為，中國證監會對其做出處罰決定后，由于違法主體和涉案資金都在香港，中國證監會并不能跨境執行，對處罰決定的執行主要依賴于香港證監會的協助，也即跨境執法有賴于對方監管部門的協助執行。但目前跨境執法協助執行方面的制度還屬于粗線條、不夠細致、不具操作性，比如《備忘錄》只是規定“中國證監會與香港證監會將在協助執行對方所作出的行政處罰方面拓展合作空間，并共同研究推動兩地自律監管措施的執行互認問題”，這些規定還只是方向性、原則性規定，有的還只是處于研究階段，包括滬港兩家交易所自律監管措施“相互承認”都還可能有點障礙，兩地在執法協助執行缺乏制度遵循，沒有落實到實際操作層面。
為此，首先必須要從理論上搞清楚，對方監管部門對本方市場主體作出的監管措施、處罰決定，本方監管部門是否應該全盤認可，是否需要有所鑒別再予以認可，假若發生法律風險怎么辦。這些搞明白之后，再出臺跨境執法協助執行的具體制度舉措。
三是投資者權益保護制度需要進一步明確。證監會表示，投資者投資于誰的市場，由誰進行保護;投資者還可依法涉外民事訴訟，當參與港股通業務的投資者向有管轄權的人民法院提起民事賠償訴訟時，可通過兩地司法協助機制予以執行。不過這其中也有問題需要解決，比如法官審理選擇適用內地的法律還是香港地區的法律?雖然《涉外民事關系法律適用法》規定“侵權責任適用侵權行為地法律”，但現實情況極其復雜，面臨法律選擇難題;另外，目前內地與香港尚無司法協助的相關協定，民事跨境執法只能依靠個案處理，人民法院宣判后，如何執行也需要剛性制度保駕護航，不能總是以個案處理。
