近年來，隨著政府信息公開制度和收入分配制度改革的不斷深入，我國住房公積金制度所固有的管理體制、增值收益分配和個人賬戶保值增值等內在積弊日漸顯現出來，飽受學界和廣大社會公眾詬病。十八屆三中全會《決定》指出，“建立公開規范的住房公積金制度，改進住房公積金提取、使用、監管機制。”這是黨中央高度重視民意表達、及時回應民生關切，對進一步規范和完善我國住房公積金制度作出的重大決策部署。
毫不諱言，這里的所謂住房公積金制度“積弊”，其實就是《決定》所指的“部門利益法制化”在住房公積金制度中的具體體現形式。正因如此，深入推進住房公積金制度改革，
就必須破除“部門利益法制化”羈絆，趟過“深水區”，釋放住房公積金制度改革紅利。
改革完善住房公積金管理體制
由國務院頒發的《住房公積金管理條例》(下稱《條例》)第三十條規定，“住房公積金管理中心的管理費用，由住房公積金管理中心按照規定的標準編制全年預算支出總額，報本級人民政府財政部門批準后，從住房公積金增值收益中上交本級財政，由本級財政撥付。”由此可知，住房公積金管理中心屬于典型的“自收自支”事業單位，實行的是類似于財政性資金“收支兩條線”管理模式，“增值收益”是其“收支”的唯一來源。
但問題的關鍵是，這里的所謂“自收自支”，并非真正意義上的“企業化”經營的“自收自支”，而是以擠壓和“法制化”強制分配公積金繳存者個人利益為代價的“自收自支”。從優化調整政府公共服務職能，提高公共資源配置效率角度分析，這樣的“自收自支”，其實質是政府缺位——公共服務“卸包袱”行為。由此，改革住房公積金管理體制的關鍵，就是要讓政府合理“補位”。具體地說，要按照事業單位分類改革的要求，借鑒社會勞動保險管理中心的管理體制機制，將住房公積金管理中心由“自收自支”事業單位改制為財政全額撥款事業單位，叫住房公積金管理中心“不拿群眾一針一線”，讓住房公積金制度回歸公益屬性。
實行住房公積金增值收益分紅政策
按照《條例》規定，住房公積金增值收益主要由使用住房公積金累積余額購買國債收益、住房公積金管理中心在銀行專戶存儲利息收入和無法支取的住房公積金賬戶存儲款收入三部分構成。
“職工個人繳存的住房公積金和職工所在單位為職工繳存的住房公積金，屬于職工個人所有。”(《條例》第三條)而在公積金增值收益的分配和使用上，則只能“用于建立住房公積金貸款風險準備金、住房公積金管理中心的管理費用和建設城市廉租住房的補充資金。”(《條例》第二十九條)與繳存者個人沒有任何關系，這顯然是違背了《物權法》中的“孳息歸屬”的原則。
截至2011年底，全國住房公積金存款余額已高達2.1萬億，據初步估算，僅十二五期間，扣除風險準備金和管理費用后的全國住房公積金增值收益就不少于1400億元。這些本來可以用于繳存者個人分紅的資金卻被“法制化”給了政府及有關部門，這于情于理都是說不過去的。
為此，應修訂《條例》第二十九條，明確規定公積金增值收益只能“用于建立住房公積金貸款風險準備金和向住房公積金繳存者個人派發紅利。”
實行公積金增值收益分紅政策后，“建設城市廉租住房的補充資金”由財政資金補貼解決，讓政府和公共財政合理“補位”和“歸位”;“住房公積金管理中心的管理費用”則由財政全額撥款解決。
實行住房公積金個人賬戶保值增值政策
《條例》第二十一條規定，“住房公積金自存入職工住房公積金賬戶之日起按照國家規定的利率計息。”但在實際執行時，個人賬戶存款利率明顯偏低。根據住建部《關于調整住房公積金存貸款利率的通知》(建金〔2012〕88號)規定，公積金個人賬戶存款年利率是：當年繳存為0.4%;上年結轉為2.85%。而個人住房公積金貸款年利率標準是：五年以下為4.2%;五年以上為4.8%;試點項目貸款為按五年以上個人住房公積金貸款利率上浮10%。住房公積金管理中心將公積金累積余額存放在銀行的年利率高于個人賬戶上年結轉存款利率約1個百分點。這樣的利率結構，不能不讓人費解，除了“部門利益法制化”外，實在找不到其他任何可以合理解釋的理由。
為了維護住房公積金繳存者合法權益，應提高個人賬戶存款利率，按其累存期限，適用同期普通儲蓄存款利率。讓公積金繳存者個人得大頭，住房公積金管理中心和銀行得小頭。
從住房儲金與養老儲金替代的角度看，對于大多數住房公積金繳存者而言，只有等到他們正式退休時才能支取和使用，住房公積金事實上已被賦予了補充養老儲蓄的功能。住房儲金替代養老儲金，能夠在一定程度上彌補養老金替代率過低問題，顯著提高退休養老保障水平。實行住房公積金個人賬戶財政保值補貼政策的理論依據也就在于此。
實行財政保值補貼具有針對性強、靈活性高的特點，能夠消除傳統的使用利率手段通過加息方式應對儲蓄存款“縮水”問題產生的負面影響。補貼幅度可考慮以下兩種方式;一是相對保值，也即消費者物價指數(CPI)漲幅與銀行基準利率之差;二是絕對保值，也即CPI漲幅。