看北京、深圳等小產權房問題較為突出的城市最近出臺的政策，對存量小產權房的處理大多遵循整體從寬、分類確認、漸進合法化的路徑，采取不同程度的罰款或補繳地價來確認產權，政策基調顯得非常靈活和務實。估計這可能成為國家處理小產權房的基本思路。
自去年11月22日國土和住建兩部委聯合發出通知，要求各地堅決遏制違法建設和銷售小產權房以來，北京、深圳、廣州等地相繼采取高壓政策，拆除小產權房、查處典型、嚴肅追究有關責任人。但看北京、深圳等小產權房問題較為突出的城市最近出臺的政策，對存量小產權房的處理大多遵循整體從寬、分類確認、漸進合法化的路徑，筆者估計，這可能將成為未來國家處理小產權房的基本思路。這意味著，存量小產權房被沒收拆除的可能性基本上不存在。除存在安全隱患、占用公共設施和耕地的被拆除外，大多數小產權房將會留用，并采取不同程度的罰款或補繳地價來確認產權，而存在爭議的則擱置留用。
雖然確認產權不意味著小產權房就能像商品房一樣自由交易，但小產權房此前最大的弊病——不完整的產權將得到修復，在流轉和產權保護上的法律風險將基本消除，若產權的邊界和對于產權的法律保護最終明晰，則在交易層面的合法化就是必然的。
以深圳即將在4月1日實施的《試點實施辦法》為例，其基調是分類處理和確認，除對由非原村民所建、以房地產開發為目的的違法建筑部分不予確認(但可以留用)外，其他違法建筑在不占用公共設施、不存在安全隱患的前提下將全部納入產權確認的范疇。而且，繳納少量地價(住宅類為基準地價的10%)后，符合“一戶一棟”原則的住宅類違建和絕大多數生產經營性建筑類還可以申請獲得商品房產權。相比之前堅決禁止、清理拆除和不予確認的政策表態，本次政策基調顯得更加靈活和務實。
目前，深圳絕大多數小產權房是由村民自己建設，或由村委會的開發公司或者外請開發公司代建。即使是聯合外面公司一起開發，基本模式也是由村民或村集體提供土地，私人開發商負責籌集建設資金，建成后村民留存一部分用于居住和出租，剩余部分出售，單純面向市場銷售而開發的項目非常少。特別在近年來房價快速上漲的情況下，在深圳超過1000萬的非戶籍人口中，80%選擇租住小產權房，甚至很多初來深圳創業的人也選擇小產權房租住。由此，村民選擇出租小產權房來獲得長遠收益(村民自有物業出租收益和集體物業年度分紅)更劃算，出售小產權房的比例就更低了。因此，照此趨勢，深圳存量小產權房中的絕大多數將走上分類確認和漸進合法化的處理路徑。
北京也類似，盡管北京小產權房占存量住房比例不大，但近年來地下交易非常旺盛，據悉占據了房地產市場近20%的交易份額。當然，北京打擊小產權房也是最嚴厲的，但真正被拆除的很少。如2007年以來，北京列出在建在售小產權房項目共116個，但真正拆除的只有21個，沒收和處以罰款的9個，責令停工的7個，剩余的79個項目(占項目總數68%)到目前仍處于待處理階段。也就是說，北京查處小產權房，目前打擊的也只是新增項目，對于存量也基本轉向了分類處理和確認的方法。
有數據顯示，目前全國小產權房總面積近70億平方米，大部分是本世紀初房地產市場化和城市化提速以來建成的，如深圳近40萬棟小產權房，有30萬棟是1999年以后建成的，而國家打擊小產權房也開始于1999年。小產權房之所以越禁越多，而政策卻從最初的高壓轉向目前的靈活和從寬，是因為如果追溯小產權房產生的源頭，難以在法理上界定為違法。鑒于事實上的合法性和合理性一直存在，政策轉向是順勢而為，因為未來土地改革和新型城鎮化的大方向與政策上繼續高壓相沖突。
小產權房的最初產生，源于城市化和工業化快速推進中，地方政府的支出增加，為降低成本，地方政府采取非市場化的手段低價征收農民土地。為使農民接受低價征收，地方政府提供留地政策作為妥協，即留給村民和村集體一部分土地，供其按照經營性用途自行開發利用，從而解決了城市原住民城市化安置的社保和就業成本。在這一政策而非法律的框架下，村集體以鄉鎮企業或者其他公共設施的名義進行土地開發是不受法律約束的。這意味著，若村民和村集體順應城市化加速趨勢，適時調整集體土地開發模式，通過建設小產權房來供外來人口租住的新的經營方式理應屬于這一范疇，將其排除在外，法理上難以講得通。
另外，小產權房不合法，主要指村民和村集體突破土地用途管制和城鄉規劃法，將集體土地轉做城市建設用地(如商品房開發和銷售)，但地方政府卻可以單方突破這些規制，按照原用途補償來征收集體土地，并以市場化出讓來獲得收益。因此，在村民和村集體看來，這一政策是城市化后單方面插入的，而且，以小產權房所在的城中村的形成，是地方政府主導的城市化外的另一種城市化模式，事實上，這對于降低城市化和工業化成本、支持出口導向戰略、降低住房價格和提供住房保障、降低城市生產和生活服務業價格等有不可磨滅的貢獻，理應分享城市化的溢價，擁有財產性收入。三中全會提出了建設城鄉統一的用地市場、賦予農民財產性收入、尊重農民土地流轉權、推進以人為本的城市化，這實質上是對過去城市化中土地利用政策遺留問題的糾偏，而這些頂層設計的“落地”，首先應當在融入城市化的村民和村集體中實現。因此，即便小產權房存在質量、占用耕地、利用法律漏洞、不符合土地節約集約的問題，而且準許其自由流轉將侵犯大產權房購買者的利益，不可能馬上實現完全的合法化。但從深圳、北京等城市的實情看，可以認為小產權房漸進合法化的進程已經開啟。