上海自貿區試驗的重點內容之一是推進綜合監管制度，其核心內容是創新政府管理方式，減少行政審批事項，推進政府管理由注重事前審批轉為注重事中、事后審批。該制度既是自貿試驗區各項先行先試事項能否試驗成功的前提條件和重要保證，也是上海自貿試驗區可以復制、推廣至全國的重要內容。目前上海自貿區的綜合監管工作應當在以下六個方面重點推進。
加快信息共享的監管平臺建設，各監管機構聯合強化源頭監管
事中、事后的監管模式對上海自貿實驗區內企業的貿易活動提出更高的源頭監管要求。首先，需要在上海自貿區內整合涵蓋注冊備案管理、行政許可管理、日常監管、應急管理、稽查執法、信用評定等信息系統，建立打通海關、質檢、工商、稅務、外匯等各部門的信息共享平臺；其次，要建立企業基礎數據庫，動態記載各監管部門對自貿區注冊企業經營情況的信息，通過運用信息平臺的公式制度，從源頭上有效規避企業違規經營風險，有利于監管科學化、精細化和信息化目標的實現。第三，各部門制訂信息共享工作規范，明確信息采集、加工、傳遞、應用、反饋等環節的工作職責，健全信息共享長效機制，定期召開個部門聯席會議，研究、探討監管信息平臺的改進措施。
建立自貿區綜合監管政策研究領導小組，滿足自貿區“短平快”的政策研究需求以及“長準全”的監管效益評估
目前自貿區內“短平快”的政策性研究需求明顯，建立自貿區監管政策領導小組，針對各區域的監管問題、困難進行積極、有效的溝通，以便及時研究解決。一方面，執法監管部門要跨前一步，與行業管理部門聯手協同創新，加強體制機制上的管理。另一方面，可通過課題的招投標、或委托指定的形式，與大專院校、科研機構在監管技術及設備研發、監管政策制度創新、監管評估等方面進行合作研究，并將成果及時轉化。成功的經驗是在洋山港保稅港區試點的中美“大港計劃”，與清華同方合作研制的出口港核輻射檢測系統，成功查獲多起案例。該監管系統的成功經驗可復制應用于進口港以及未來其他自貿區港區，為中國進口貿易鏈安全提供保障。
引入“安全港”概念，試行“企業自律”的誠信監管體制
“安全港”的概念，是以受監管企業高度自律為核心，以監管單位與受監管企業二者間的相互信賴為根本，減少受監管企業的守法負擔，建立以誠信為基礎的分類風險管理機制。建立“安全港”規范機制，有利于強化自貿區內“企業自律”，具體而言，應在以下三個方面取得突破：允許符合一定規模、風險管控等條件的企業，與監管機構共同訂立、簽署自律條款，明確經營者的自律責任；針對從事高風險業務的企業引入擔保管理制度，通過風險監控、第三方擔保、保證金要求等方式實行有效監管；建立規范的公示曝光制度，以企業信譽檔案為依據，定期對自貿區內的企業進行公示曝光，倡導守法經營，鞭撻違法違規行為。
采取出入區人員分類監管模式，推動海關特殊監管區與城市的融合銜接
在“一線放開、二線管住”的特殊海關監管制度下，“區內自由”是未來發展的主要方向，一是消費自由，自由港城內可以建立商業性生活消費設施和開展商業零售等業務，業務收入免征增值稅、消費稅等；二是自由港城內可供特殊人員居住，如船員等，并且區域內生活供應品免稅。因此，人員的自由流動成為關鍵因素。采用出入區人員分類的監管模式，可以有效推動海關特殊監管區與城市的融合銜接：一是要根據出入自貿區的特殊人員類別，采取特殊通行證(如海關、工商等機構的工作人員)和特殊居住證(如船員)；二是對在區內參觀、購買物品的臨時人員，采用一般通行證，并針對帶出自貿區的消費行為，要按照自用合理數量原則，實行嚴格的審查，超過規定金額或數量要依法納稅。
學習國外先進經驗和成熟做法，加快推進自貿區建設的新認識、新思考
監管部門的政策制定者要在國內調研基礎上充分開展國外調研，形成自貿區建設的新認識、新思考，并加快付諸實踐的推進步伐。在監管手段方面，臺灣自由港區的“分級監管”的新舉措可供借鑒，即可根據區內企業能力、自律程度分級，賦予具有良好信譽和優質資格的企業較大的業務經營彈性。在綜合監管制度方面，德國自由貿易港區的“大通關”綜合體系更值得認真學習，“大通關”不僅涉及口岸監管驗查單位、港口、機場、稅務、外匯管理，而且將金融、中介機構、運輸、倉儲以及生產企業和進出口企業等多個部門納入其中進行綜合管理，有效地帶動了地區相關產業的發展，又實現了自由港與城市功能的互相促進。
緊抓自貿區建設時效性，促進制度創新和法律保障有機結合
上海自貿試驗區的制度創新應以全面、規范的自貿區法律體系為基礎，包括人才、投資、技術、生產因素移動等限制及法規的突破，以及在最短的時間內構建“自貿區法律保障體系”，否則將喪失時效性。自貿區法律保障的第一階段是透過行政法規松綁解除限制。第二階段是推進自貿區法制化建設，以促進政府放權的可持續性。通過地方立法的形式擬定《自貿區特殊條例》，建立與自貿實驗區相適應的管理制度。第三階段應結合各機構在區內實施的創新制度以及監管經驗，出臺與各監管機構相適應的，如《上海自貿區海關監管條例》等，細化各領域的監管規范。
整體而言，綜合監管制度的推進是一項系統工程，既需要建設大量的配套基礎設施和信息平臺，也需要完善的法律框架、政策支持，更需要先進的服務意識和監管手段，在各個方面，需要不斷的探索、創新。