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近年來隨著我國國力的增強，國家在科研經費上的投入從最開始的“不足”到現在“不差錢”，但龐大的科研經費在分配上卻存在著明顯的制度缺陷，科研經費的利用率普遍低下，跑、冒、滴、漏現象十分嚴重，大量科研經費正在蛻變為某些科研人員“圈錢”的對象。據中國科協日前發布的《全國科技工作者狀況調查報告》，在全國，直接用于科研項目的科研資金比例僅為四成左右。
科學研究本該是最嚴肅、最求真的學術研究，科研經費的濫用和挪用不僅白白浪費有限的科研投入，妨礙科研事業的健康發展，也會嚴重玷污科研院所、高等院校作為神圣的科研殿堂的社會形象。加快推進科研經費管理改革，提高科研經費的管理水平和使用效率，讓科研經費在陽光下運行，已經成為建設創新型國家和提高自主創新能力的迫在眉睫之事。
首先，要加大對科研經費的監管力度。有關部門加大對科研經費的監管審查力度，力求每一筆經費的用途和去向都審查清楚，同時加大對課題負責人濫用和挪用科研經費的問責力度。課題負責人要對課題經費使用負全責，如發現濫用和挪用科研經費問題，應當視情節和后果取消其課題負責人資格，取消申報課題資格，追回被濫用挪用的資金，若情節嚴重給予相應的紀律處分，構成犯罪的移交司法機關依法處理。
其次，要建立健全科研基金會制度。加大科研基金的比重，成立新的國家技術創新基金委員會等，政府部門科研經費財權和審批權要分離，掌握財權的政府部門要從直接的科研項目審批中退出。國家重大科技計劃應由政府部門委托相關基金評估后決策實施，并實行問責制；一般科研項目經費則由基金會管理，政府部門負責監督。
第三，要調整科研經費分配機制。在很多國家和地區，超過100萬元以上的科研計劃都特別嚴格，以承擔歐盟科技計劃的研究人員為例，他們的經費細化到每一天的開支，比如參加學術會議是坐火車還是乘出租車，必須提前一年編制好預算，嚴格執行，到期不驗收或者驗收不合格者，取消其項目申報資格。反觀我們的科研經費使用，卻經常是一筆糊涂賬。讓科研經費透明公開，就要讓科研經費的分配過程透明化、公開化，建立公平、公正、透明的科研經費分配機制，堵塞一個項目多頭申報、多渠道獲得資金的現象，提高資金使用效率。
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