十八大之后，我國行政體制改革思路進一步理清，“大部制”呼之欲出。這將是改革開放以來我國行政體制改革又一次大動作，是“深水區”的作業，面臨著四道難題。
首先是權力整合難。本屆國務院機構組成，除辦公廳外，共有27個部門，特設機構1個、直屬機構16個、辦事機構4個、部委管理的國家局16個、直屬事業單位14個，另外還有100多個議事協調機構，數量之多、類型之多、分工之細超過世界許多國家。
這么多機構都是上一波改革的既得利益者，每個部委辦局手里都掌控顯赫的權力，掌管著豐厚的公共管理資源。實行大部制，解決政府機構職能交叉、重疊引發的政府管理問題，就要從現有行政機構把職能交叉、重疊的行政資源合并重組，變“九龍治水”為“一龍治水”。這些交叉、重疊的職能部門盤根錯節，要整合這些行政資源，就像剝蠶絲一樣，每一根絲都會觸動一大片官場神經，稍有不慎，不是形成權力真空，就是形成新的權力交叉、重疊。大部制下，相關幾個部的權力重新洗牌，整合到一塊，既要大刀闊斧，又要心細如麻，做到平穩過渡，無縫銜接，無不是對改革者的政治智慧和操作水平的嚴峻考驗。
其次是人員分流難。在大部制下，機構減少了，官位勢必也減少。這勢必帶來人員分流。而分流人員是歷次機構改革最為棘手的事。畢竟，公務員是國家整體運行寶貴的人力資源，是維護正常國家秩序的保障和基礎，公務員隊伍的穩定，關乎社會穩定。
若以1998年機構改革人員分流為鑒，則基本辦法有帶職分流、定向培訓、加強企業和優化結構四種，顯然都有不小的局限性。帶職分流，就是定編定員后，超編人員保留職級，離開機關。那么保留職級后到哪里去呢？如果另外設置一些事業編制機構或者官辦的中介、行業協會等消化這部分人員，搞體外循環，既增加了改革成本，又增添了新的“準”管理機構。定向培訓，就是對離崗公務員進行會計、審計、法律、經濟管理、教育管理等方面知識的正規培訓，為走向新的崗位作準備。這個渠道僅是權宜之計，參加培訓的人如果是年輕骨干，本應留在新組建的大部里，如果是“惡補”性質的培訓，原本“底氣不足”，培訓后又能去哪里呢？而加強企業，就是選調定向培訓后的人員首先充實工商企業、金融企業，以及財稅、政法、市場管理等執法機構，文化、教育、衛生等單位和適應社會主義市場經濟發展的社會中介組織。這又使上述這些機構人員膨脹。至于優化結構，就是通過人員分流，調整政府和企業、機關和基層人員的年齡結構、知識結構和專業結構，達到優化組合，全面提高公務員隊伍和基層工作人員的整體素質。這一點是機構改革成敗的關鍵。
1998年的機構改革，人員分流大多流產。因此，機構改革人員分流的方法恐怕不可再繼續沿用，而需要謀劃新的分流方式。
再次是機制磨合難。追蹤溯源，大部制組織架構設想并非是機制上的創新。早在上世紀50年代，已有國家經委這樣的大部委設立；2003年國家設立商務部，就是將原外經貿部、國內貿易部以及原國家計委、國家經貿委的部分職能整合組建之舉，可以視作大部制的“熱身”。一個整合了不同部門利益的強勢大部委，可打破現有部門利益格局，消解部門之間挈肘因素，壓制部門利益追求沖動，從更宏觀和科學的角度進行政策決策、執行和監督。
可是，專家們擔心，大部制不是簡單地等同于部門拼湊，而應有更深刻的理念跟進。過去的大部委運行之所以不盡如人意，原因就在于與舊有的行政思維過多妥協。新的大部委理應具有新的執政內涵，避免以新“大”代替過去的舊“大”。
大部制絕非幾個“小部”的簡單疊加，如果是那樣的話，在大部制下，原來的“部”降格為“司”，但手中的權沒有變，仍然行使過去“部”的職權，改革就沒有意義。在大部制下，機構內部、外部，上下之間的磨合，與上級機構設置如何對接，怎樣才能不重復、不重疊等等，都是改革非得解決不可的問題。
此外，還有運行監督難。實行大部制管理后，權力和財力勢必更加集中，一個部門的權力更大了，能不能建立起有效的權力約束機制，能不能有效遏制部門利益，怎樣防止因權力過度集中而產生的腐敗問題，成為影響改革的一大關鍵因素。
大部制機構設置，有可能通過改變組織形態來抑制部門職能交叉、政出多門、相互扯皮的問題。但也有人擔心，大部制改革也可能把分散的部門利益，積聚為集中的部門利益。如果某部門變為一個權力很大的超級部門，難免“尾大不掉”，對它監督恐怕會更加困難。
無疑，如何建立健全決策權、執行權、監督權既相互制約又相互協調的權力結構和運行機制，是大部制改革最為關鍵之舉。