營改增被認為是我國稅收改革最重要的抓手，也是日后我國稅收、公共財政的風向標。
營改增的目標是減輕企業負擔，發展服務業。減輕企業負擔是為了讓利于企業，發展服務業是為了調整經濟結構。更重要的是，營改增是調整地方與中央財政稅收分成的先兆。
根據試點情況，營改增存在兩大問題：一是某些行業稅收增加；二是地方財政收入減少。如果不改變這些問題，將衍生出兩大負面效果：稅收增加的企業抵制營改增，進而誤解稅收改革；地方財政收入下降將導致地方更加依賴土地財政，地方政府或者暗中反對營改增，或者放開手發展房地產業，兩者必居其一。
營改增后交通運輸行業的物流企業負擔大增。
據測算，上海啟動“營改增”試點后，物流行業的實際稅負成本增長了近一倍。原先適用3%營業稅的交通運輸業，其稅率上升到11％，由于交通運輸企業的大型運輸工具不需要每月采購，燃油費、過路費等在抵扣增值稅時相對嚴格，營改增意味著物流企業稅收負擔上升8個百分點左右。據武漢市國稅局介紹，試點僅一個月，物流運輸行業試點首月申報繳稅8260萬元，平均稅負達到了5.55%，較原3%的營業稅稅率偏高。
營改增之后，地方稅收收入將減少。為推廣營改增，目前的權宜之計，是將營改增之后的收入全部返還給地方政府，此舉不可能長久。即使保持目前營改增收入全部納入地方財政籃子的格局不變，營改增的降稅負擔也將落到地方政府頭上，從理論上地方政府要補貼稅收負擔加重的企業。2013年許多試點省市紛紛下調財政收入目標，為未來改革留空間。從長遠看，營改增后，不可能保持目前的返還制度，地方與中央政府的分成比例必然重新劃分。
如果不降低物流等行業稅負，不改變地方政府補貼的復雜，很難擺脫指責；如果不盡快建立地方政府的合法合規的稅費、預算體制，營改增將加劇地方財權與事權不匹配的沉疴，地方政府依靠土地收入、隱性負債平衡財務的現象將愈演愈烈。
營改增在試點過程中的微調值得關注。微調能夠體現中央政府減稅與加強服務業的決心，也能夠細致地體現出改革主導者改善中央與地方稅制、建立合法合規的地方稅收體制的努力。目前微調未現端倪。
1月11日，《21世紀經濟報道》披露，“江蘇省財政廳廳長劉捍東在全省財政工作會議上表示，營改增中涉企稅負增加的現象，將從2013年起得到徹底的解決，在交通運輸物流業，將全部執行一般納稅人的簡易征收辦法，增值稅率為3%。”
此消息引發其他試點省市與交通運輸業內巨大的反響，企業翹首以盼。然而，三天后《羊城晚報》報道，“江蘇省財政廳有關人士表示，劉捍東在會上只是表達，要就營改增交通運輸企業稅負增加問題向國家財稅部門提出實行簡易征收辦法的建議。”看來，交通運輸業負擔上升、補貼手續繁雜還將上演。
中央與地方政府必須劃分新的稅收分成機制，同時在嚴格預決算的基礎上，建立能夠滿足地方財政所需的新稅種。如果地方政府財政收入下降，而地方投資規模并未因此下調，房地產市場價格更高、風險更大，各地地方政府將繼續通過盤活土地資產的方式解決目前的收入困境。另一方面，如果中央政府掌握財權越重，轉移支付的力度越大，各地財政空間越小。
未來，必須有一套稅費體系應付地方財政所需，地方政府才能在合法合規的基礎上治理。營改增是在不引發大的利益調整的前提下轉變經濟結構，而房產稅未來必然是高房價地區的重要稅收來源。