構建財權與事權相順應、財力與事權相匹配的財稅體制，是“十二五”時期公共財政體制改革的關鍵，是推進基本公共服務均等化的體制保障，也是完善社會主義市場經濟體制的應有之義和重大事項。筆者認為，改革的主要內容包括：合理調整政府間財政收入劃分；以房地產稅、資源稅等充實地方稅體系；完善縱向財政轉移支付制度和改進橫向轉移支付制度；完善稅源總分制度等。
財政體制中的財權配置是保證各級政府有效履行職能的重要制度安排。需要按照貫徹落實科學發展觀、推進和諧社會建設的要求，考慮稅種屬性，兼顧各地區間利益分配關系，理順中央與地方收入劃分，促進經濟發展方式轉變與統一市場形成。
從總體上看，應努力使稅基劃分合理化，酌情減少共享稅。同時，將有利于收入分配調節、推動經濟發展方式轉變、促進資源永續利用以及統一市場形成的稅種，確定為中央固定收入。
具體而言，中央政府為履行宏觀調控職能，應當掌握有利于維護統一市場、流動性強、不宜分隔、具有收入再分配和宏觀經濟“穩定器”功能的稅種，如個人所得稅；有利于貫徹產業政策的稅種，如消費稅；與國家主權相關聯的稅種，如關稅。地方政府為履行提供區域性公共產品和優化轄區投資環境的職能，應當掌握流動性弱、具有信息優勢和征管優勢、能與履行職能形成良性循環的稅種，如不動產稅等。2011年初已在重慶、上海啟動的“房產稅”改革試點，將具有多方面的、長遠的正面效應，其中之一是可望由此為起點逐步打造中國地方稅體系中作為主體稅種、財源支柱的房地產稅制度框架。
在逐步完善稅制過程中，應充實地方稅體系，適當壯大地方稅收收入，提高地方公共服務的保障能力。地方稅主體稅種稅基應較廣、收入穩定、規模較大、具有非流動性且稅負不能轉嫁，使本地的稅負落實到本地居民身上，把地方公共物品的成本和效應較好地聯系起來。一段時期，我國地方稅主要稅種可考慮主要由以下四項組成。
一是營業稅。隨著經濟發展水平提高，第三產業的發展動力加大，與此密切相關的營業稅也有較大的增長空間。作為省級為主掌握的稅種，有利于調動地方協調推進轄區第三產業發展的積極性。但此稅將逐步被增值稅“擴圍”改革所取代，以助益于減少第三產業中現存的重復征稅因素，促進第三產業更好地發展和實現總體產業結構升級優化。
二是積極試點開征房地產稅，即已進行“空轉”試點的物業稅（不動產稅），也即重慶、上海從現行“房產稅”切入的改革試點。從前景看，將房地產稅、土地使用稅合并為物業稅后，由于計稅依據、稅率、課稅范圍等發生變化，收入數量將會有顯著增加。特別是有利于把地方政府主要注意力，引導到按市場經濟要求優化本地投資環境和公共服務上面，形成地方政府行為與經濟發展、市場機制不斷完善的良性互動長效機制。作為財產稅類主體稅種的房地產稅還有利于促進房地產業健康發展和優化調節收入分配。
三是城市維護建設稅。其計稅依據的改變和課稅范圍的擴大，方向是適當提高其在地方財政收入中的比重，適應城鎮化過程和經濟社會發展，成為地方稅體系中的主體稅種之一。
四是適時實施和擴展推進資源稅改革，在促進資源合理開發節約使用和環境保護的同時，增加地方特別是中西部具有資源比較優勢而經濟欠發達地區的稅收收入。2010年下半年，此項改革已在新疆先行。今后工商業不夠發達然而資源富集的西部，可望以此稅打造地方稅體系的支柱。
此外，正稅清費，進一步推進稅費改革，應研究賦予地方政府對某些稅種的選擇權，以及適當調整地方稅種、稅目、稅率等稅收政策的管理權。
加快發展健全規范的中央、省兩級自上而下的財政轉移支付制度以及必要的“對口支援”等橫向轉移支付，發揮其作為有效的財政均衡制度的功能。
“十二五”時期，完善政府間轉移支付制度應突出三項內容：一是繼續擴大一般性轉移支付資金規模，對一些名不副實的專項資金進行撤并。二是清理整合專項轉移支付項目，盡可能減少項目支出的交叉、重復，嚴格控制新設項目，必須設定的項目要做到資金安排和制度建設同步進行。同時，進一步完善“三獎一補”政策，調動地方克服縣鄉財政困難的潛力，強化基層政府服務“三農”的能力。三是完善現行的轉移支付，盡量采用客觀的量化公式和能夠反映各地客觀實際的統計指標，針對各地區不同的主體功能，把對于農業區域、生態區域的轉移支付支持，進一步制度化、規范化。
同時，應加快研究建立生態補償的橫向轉移支付制度，即在經濟和生態關系密切的同級政府間建立區際生態轉移支付基金，通過轄區政府之間的相互協作，實現生態成本在區域間的有效交換與分擔。區際生態轉移支付基金由特定區域內生態環境受益區和提供區政府間的財政資金撥付形成。撥付比例應在綜合考慮人口規模、財力狀況、GDP總值、生態效益外溢程度等因素的基礎上確定。生態基金必須用于綠色項目。如果實行區際生態基金的區域內有國家級的生態保護工程，中央政府也應在生態基金中撥付一定的財政資金作為管護費用的補償。此外，在特定流域的上、下游之間，生活用水的水源地和使用地之間，還可通過上級協調、專家參與談判，建立“一對一”的橫向生態補償制度。
完善企業所得稅稅源總分制度，破除制度壁壘。實行法人所得稅制度是新的企業所得稅法的重要內容，為了有效解決法人所得稅制度下稅源跨省市轉移問題，財政部等部門制定了《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》（財預[2008]10號）等文件，規定跨區企業的總分機構當期應納稅額，地方分享部分分成三塊：25%由總機構所在地分享，50%由各分支機構所在地分享，25%按一定比例在各地間進行分配。
跨省市企業總分機構實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的納稅方式。該方式在一定程度上促進了地區間稅收公平，但造成了總機構與分支機構主管稅務機關的不一致，進而引發跨區總分機構的企業所得稅歸屬和征管權之爭。今后應當從平衡兩套征管系統和地區之間利益博弈角度進一步改革稅源總分制度，將收入任務、管理事項等相關責權利進行合理配置，調動分支機構主管稅務機關的管理積極性，并實現更為合理的利益均衡。