經濟發展，表現為連續不斷的產業結構調整、轉型和升級的過程，這個過程必須以科技創新和技術進步為基礎。要真正實現科技推動經濟發展，提升我國經濟的科技含量，科技體制改革是前提。
（一）科技體制改革的目標：科技與經濟相融合
多年以來，我們對國家科技改革注重中間過程和手段，對科技創新的評價也是如此。一是我們在科技方面投入了多少，科技投入占GDP的比重是什么狀況，與國外的差距有多少；二是我們的投入以多種國家重大科技計劃的形式，完成了多少個課題和項目，而這些項目獲得了哪些獎勵、發表了多少篇論文、申請了多少專利，而這些科技項目的市場化、產業化情況則往往無人問津。
科技體制改革應有兩個重要使命：一是推動基礎科學的發展，為應用型科技研發提供后續支撐，提高我國科技的國際競爭力和主動權；二是實現科技成果產業化、市場化，加快科技與經濟的融合，而不是滿足于無法產業化的論文、實驗室成果。第一個使命最終也是為第二個使命服務的，但是在長期意義上的。不以產業化為導向的應用型科研是對有限財政資金的極大浪費。把科技成果市場化、產業化定位為科技體制改革的目標，這是從根子上改變科技與經濟“兩張皮”的必由之路。只有真正實現科技成果產業化，科技是第一生產力才會變成現實。否則，無論怎樣的科技體制改革都將是失敗的。
科技與經濟相融合有一個過程。這其中有歷史文化、社會傳統觀念、經濟體制、教育體制以及科技創新風險等諸多因素的影響。但科技體制改革及其目標的確立，直接制約著科技與經濟相融合的程度。強調科技投入、強調企業在科技創新中的主體地位、強調開放合作，等等，這些都是必要的，但這些也只是路徑，不是目標。只有明確了科技體制改革的目標，才可能避免迷失方向。“條條道路通羅馬”，只要有了清晰的目標，達到目標的路徑和方式是多樣化的，可以做出各種選擇。對于科技投入、產學研結合、企業創新中心的設立等等，都應當圍繞科技與經濟
“兩張皮”是否得到緩解，科技與經濟融合度是否得以提高為最終衡量標準，而不能把投入了多少、產學研項目有多少、企業創新中心設立了多少等等這些東西當作目標本身。只有這樣，才能避免形式主義的改革，避免科技體制為改革而改革。
（二）科技體制改革的起點：政府定位
科技體制改革如何起步，關鍵在于政府的定位，即在整個科技創新過程中，政府到底應擔當一個什么樣的角色？其發揮作用的領域到底在哪里？應發揮怎樣的作用？等等，這是科技體制改革的基礎。一旦出現政府錯位、越位和缺位，科技體制改革的目標將無法達成。
從科技領域來說，政府與市場的分工應當是：政府領方向，市場為動力。政府要緊緊把握國家科學技術研究的戰略方向，為各類科技創新主體創造良好的環境。就像“蘑菇理論”所說的，政府應當是為蘑菇的生長創造良好環境和條件，而不是直接去干預一個個蘑菇。有了適當的溫度、濕度、土壤和載體，蘑菇自然就會生長出來，而且可以長出不同的蘑菇。科技創新同樣如此。科技體制改革就是要形成這樣的環境和條件，讓科技創新如雨后春筍般自然成長和發展。
從全球科技發展現狀和我國現實情況來看，政府應重點抓一下幾個方面：
一是國家科技創新的整體戰略。這包括國家科技創新的方向、重點、主體及相關的科技產業政策。為了保證科技創新發展戰略的科學性和避免政府部門之間的掣肘，有必要成立國家科學技術咨詢委員會，將現在實際上從屬于科技管理部門的咨詢系統轉變為直面向國務院的科技戰略決策智庫，形成超脫于部門的獨立科技咨詢系統。國家科技咨詢委員會由來自政府、科技界、經濟界、企業界及其他相關領域的戰略專家組成，為國家提供科技發展戰略和科技政策方面的決策咨詢，在重大科學技術問題和發展方向的選擇、布局等方面發揮實質作用，形成科技咨詢系統、政府科技管理部門與財政部門相互協調支持、相互制約的國家重大科技決策體系。同時成立若干專門委員會，由各個學科領域的杰出科學家組成，針對經濟社會發展中凸顯的重大科學與技術問題向政府提出包括重大計劃和項目立項等相關建議；設立動態專家庫，盡量囊括各個學科領域的優秀專家，就相關科學與技術問題為政府提供多層次的咨詢服務，并參與科技計劃與項目執行過程的技術監督。
二是完善科技創新的法律體系建設，建立有效的知識產權制度來保護創新。知識產權制度是一個國家推動科技創新的重要保護制度。如果沒有這樣一個有效的制度安排，創新主體在對創新的成本和收益進行權衡時，很輕易就會終止創新行為。知識產權保護體系應該包括對知識產權的所有權、收益權的保護和對知識產權的使用權和交易權的保護。要讓法律覆蓋研發活動從起始到中間產學研合作，再到研發成果轉移和新興企業產生的整個過程。只有在完善的法律體系保護下，中小企業和創新型企業才能獲得良好的發展環境。如，它們可以更加便捷地通過技術轉移獲得新的科研成果；它們可以與科研機構和大學合作研發，將科研成果用于自身發展；知識創業企業可以通過產權交易來獲得充足的啟動資金，降低創業風險，等等。
三是打破壟斷，建立創新、開放、競爭、有序的市場環境。科技創新中，政府應是科技創新的保護者、相關配套制度的建設者、創新文化的倡導者、重要基礎設施的投資者以及具體科技創新與產業政策的制定者，而不應是科技創新工作的具體從事者。政府發揮作用的著力點應是鞏固和加強基礎研究和重點共性技術研究工作，為技術突破提供支撐；加強互聯網、通信、數據庫等基礎設施建設，為科技創新提供基礎條件；推進重點領域和關鍵環節的體制機制改革，著力消除歷史形成的行業性壟斷和部門分割對科技創新帶來的約束和限制，在全社會建立一種有利于創新的社會氛圍，讓所有創新者都有動力和條件從事各種創新活動。
（三）科技體制改革的中心環節：建設以企業為主體的創新體系
企業是價值創造的主體，是科技成果轉化為現實生產力的最終落腳點。有研究表明，發達國家技術創新動力中，有22％源于科學與技術自身的推動，47％源于市場的需求，31％源于生產上的需求，也就是說近80％的技術創新成果源于市場或生產上的需求。由此可以看出，建立起以企業為主體的技術創新體系是市場經濟條件下的唯一選擇。這些年來，“以企業為主體、市場為導向、產學研用相結合的技術創新體系”得到了國務院的高度重視。中央各主管部門在各自領域也進行了一些相關的政策實踐。
但是，在條條塊塊相互分割的科技行政管理體制下，以企業為主體的技術創新體系建設存在諸多形式主義傾向，表現在：
一是以企業為主體更多地是強調了企業的投入。從一般邏輯的角度看，沒有問題，企業對科技投入多了，證明以企業為主體的技術創新體系初步建立了。但考慮到體制因素后，這個邏輯就有問題了，因為目前我們很多科技計劃項目都是政府確定的，而不是以企業自身的技術創新需求為主導。在這一體制背景下，企業在政府的引導下加大投入，是企業幫助政府分擔了科技創新的風險，而不是政府分擔企業的風險。
二是“企業被參加”。一些國家重點科技計劃申請過程中，從申報資格上要求申報單位中要有企業參加，但這些項目本身一般是國有科研院所為主導，企業參加，很多時候是為了申請項目的需要，是為了獲取得政府的科技經費，而不是真正意義上的源于企業的生產或市場上的技術創新需求。有錢大家分，企業當然也樂意參與。這種做法異化了參與者的目標，不是創新，也不是產業化，而是合伙獲取政府科技資金。科研院所有了項目，就有了資金，大家就有事情干，科研院所的運轉和科研人員的福利也就有了保障。在這種體制下，真正的科技創新通常是偶發的，難以形成普遍的活動，更談不上科技與經濟的融合了。
三是在政策支持的具體對象上，“以企業為主體”中的企業，更多強調了國有企業，而忽視了民營企業；更多地強調了大企業，而忽視了中小企業。從科技創新的歷史來看，民營企業、中小企業是科技創新的重要主體。例如，從愛迪生發明電燈泡，到貝爾發明電話，再從通用電氣公司制造噴氣式引擎到谷歌這樣的互聯網工具問世，都是民營企業、中小企業在唱主角，并成長為國際巨頭。在我國，與民營企業相比，出于業績考核及壟斷等多種因素的影響，國有企業科技創新的動力不足，但在以政府為主導的科技資源的配置中，國有企業在獲取科技資源方面，具有先天優勢。如此方式支持企業的話，有限的科技資源難以發揮其應有的作用。
建立以企業為主體的技術創新體系，除國家整體戰略確定的具有先導性、基礎性的科學領域外，一定要打破目前由政府確定科研項目的行政管理體制，要建立以企業的技術需求為主導的市場化甄選項目的科技管理體制。在國家明確了優先發展的創新領域后，這一點可結合當前國家確定的以信息技術、新能源、新材料等領域為主的戰略性新興產業來進行。在管理體制上，各政府部門不是以科研專家為主確定重點科技項目和計劃，而是以企業（強調國有和民營企業的同等地位）為主體在國家確定的重點領域范圍內，結合企業的發展，提出技術創新需求項目自主確定。除了少數項目經過同領域的科學家、企業家和經濟界相關學者組成的專家委員會聯合評審確定，給予事先的資助外，大多數研發項目應當實行申請備案制，不設門檻，以科技券等形式政府給予資助承諾，鼓勵社會各類創新主體從事科技創新活動，待到研發項目完成，達到研發預期目標，再到相關部門兌現政府資助。這樣更符合產業化導向的要求，也更符合創新的本質，避免事先評審過程由于認識問題或利益關系而導致一些真正的創新項目被篩掉。
建立以企業為主體的技術創新體系，要理順政府與科研院所的關系。無論是從中央正在推進的事業單位改革，還是從深化我國科技體制改革的角度，進一步深化科研院所改革都具有緊迫性。科研院所改革的基本原則，除了從事基礎研究和公益性研究的科研院所，都要面向市場，而不是面向政府；而政府對科研院所的支持則不區分國有和民營，不區分是由哪個“條條”和哪個“塊塊”所主管的單位，要支持所有有興趣進行基礎研究和公益性研究的單位（包括重點創新基地和優秀創新團隊）和個人，在明確職能、優化結構、科學評價的基礎上，加大穩定支持力度，營造有利于科技人員潛心研究的良好環境。除此外，其他所有科研院所的改革都要面向市場，這里并不是說一刀切，所有的科研院所都要直接改制為企業進行產業化經營，而是根據各科研機構的特點，有選擇性地選擇改革路徑。如可以采用將科研院所并入產業集團的做法；也可以是將中央所屬的科研院所有針對性地下放到各相關省份，然后與地方高新區合作，成立高新區工研院（要按照企業化的運營方式，而不是事業單位體制），使之成為發展戰略性新興產業的技術平臺。對不適合改制的科研院所，也要支持這些科研院所與民營企業合作，探索民營化路徑，尋找技術與產業的最佳結合。總之，適合企業化經營的都直接改制為企業，不適合企業化經營的，科學研究項目也要與市場結合。
建立以企業為主體的技術創新體系，要轉變國企功能，讓其變為科技創新的輻射源。國有企業作為一種制度安排，體現了國家經濟制度設計的一種社會價值取向，也是政府實施干預的一個重要手段。從其產生及存在的意義來說，國有企業不只是追求利潤，更重要的是要實現國家的意志，如創新型國家戰略的實施，國企就應當在其中發揮重要作用。國企的市場化改革取得了很大進展，但國企的使命到底是什么仍不甚清楚。國企的本質應當是國家的戰略儲備，如戰略產業、戰略資源、戰略人才、戰略科技等等，但是它是以市場化的方式存在。科技創新離不開市場，也離不開政府。而國企就是政府促進科技創新的一個重要載體，也是技術溢出的重要來源。因為國有企業特別是中央企業也是中央科技資源的集聚區之一，相比其他企業，國企爭取中央科技資源的機會更多。但從現實情況看，國企的科技功能很弱，只剩下了單一的經濟功能。特別是國企的壟斷地位和對國企的考核導向，更是強化了國企的經濟功能。在這種條件下，即使國家出臺了一些科技創新的激勵措施，但偏重于經濟導向而非創新導向，國企的科技創新意愿仍然不強。