嚴格來說，中國尚未建立真正意義上的多層次資本市場體系。目前中國資本市場存在著結構性缺陷。
具體體現在：一、有板塊而無層次。滬深交易所市場的功能定位沒有嚴格區分，相互重疊；二、只有場內交易市場，缺少場外交易市場；三、構建多層次資本市場體系所需的體制和機制還不健全，未形成有機聯系，市場板塊品種之間比例不協調、相互割裂、互不融通，轉板機制、退出機制尚未真正建立。因此，資本市場在如何推動資源配置方式進一步優化，不斷滿足國民經濟投融資多層次多元化需求，促進經濟轉型上發揮更大的作用，將是中國未來亟須關注和解決的問題。
中國資本市場將在以下方面發生重大變革：
首先、資本市場政策取向將由過去重點扶持國有、大中型企業開始轉向平等支持所有企業，包括非公有、中小微型企業上市融資。隨著人們對社會主義基本經濟制度認識不斷加深以及非公有制經濟在國家和地方經濟中扮演著愈來愈重要的角色，中小企業、小微企業在市場準入中遇到的“玻璃門”必將被打破。
其次、資本市場融資水平不斷提高，融資結構日趨合理，上市品種將從以股票發行上市為主轉向股票、債券并重。盡管2012年兩市擬上市企業達到485家，再超去年IPO總數。但債券市場也在進一步創新發展，在原有的各期記賬式國債和儲蓄國債陸續發售之外，還有國家開發銀行新增200億金融債，民生銀行的300億中小企業金融債以及張家口商行發行的5億次級債成功發售。此外，據悉高收益債管理辦法已擬定完畢，不久應會頒布，被稱為中國版的“垃圾債”將開中國債券市場之先河，進一步拓展金融市場的深度和廣度。
第三、資本市場體系中各個板塊之間準入標準不再趨同，而是逐步拉開距離，為更多的中小企業、小微企業發行上市騰挪出更大空間。根據2011年工信部頒布的最新《中小企業劃型標準規定》，絕大部分小微企業營業收入的標準都是在200萬元以下，只有包括批發行業在內的極個別行業的營業收入可以達到1000萬。像這樣的行業，無論如何也都無法達到目前創業板營業收入過5000萬的上市標準。因此，對資本市場中各個板塊進行重新定位，特別是降低包括創業板在內的低層次板塊的上市門檻，構建一個符合市場預期、定位準確、層次清晰的多層次資本市場將是未來市場發展的重中之重。
最后、資本市場從以滬深交易所為核心的交易所市場發展成為交易所市場和場外交易市場共生、共榮的大市場。截至2012年2月10日，滬深主板市場共有2309家上市公司，中小板共有652家，創業板共有287家。但中國的中小企業早已經超過4000萬家(尚不包括微型企業)，如此懸殊的落差，兩個交易所顯然無論如何發展，都無法填補市場巨大的融資缺口。因此，加快場外市場建設勢在必行。