在人類歷史進入知識經濟時代以后，科技創新對于國民經濟發展、國家綜合實力的提升尤為重要。財政要把支持科技創新放在首要的地位，這既有重要的現實意義，又有可持續發展的戰略意義。
科技進步與創新是經濟結構調整和升級的主要驅動力。按照內生增長理論的觀點，科技創新具有兩方面的特點：一是科技創新產品的消費具有非競爭性和非排他性。二是科技創新活動的風險性和不確定性很高，一般物品的生產都具有投入與產出對等的特性，但科技創新生產投入巨大，而獲得收益是以隨機概率的形式取得的，從而阻礙了廠商進行科技創新活動。
由于科技產品具有公共產品的特征，同樣會產生“市場失靈”，公共財政的主要職責之一就是提供公共品，彌補“市場失靈”，越是具有公共產品屬性的物品的生產，越是需要公共財政的支持。同時還應該看到，科技創新產品也是可以產生社會效益的，根據OECD在1999年的結論，政府提供1美元的原始投入資金支持企業的科技創新，會帶來1.7美元的社會收益。所以，政府需要采取激勵與引導的公共財政政策來支持科技創新，如直接向科技創新企業或政府研究機構撥款、給予積極進行科技創新的企業稅收優惠等財稅政策，還可以綜合采取產業政策、貿易政策來最大程度的避免“市場失靈”。
我國財政對支持科技創新是非常重視的，不僅制定了各種支持優惠的政策措施，而且科技投入的力度不斷加大。由1978年的52.89億元增加到目前的2113.5億元，增長39.96倍，年均增長13.56%。現有財政政策所依托的體制和機制仍然存在著不足。
第一，政府科技資金投入管理體制和運行機制具有濃厚的計劃色彩，掌握科技資金的政府部門和部門內部缺乏有效溝通，形成“部門資源壁壘”，客觀上形成了以國家政府部門為單位、以司局處室為單元、以項目申報管理為特點的粗放型多部門分散管理體制，導致“項目重復和支持不足同在、成果研發和成果應用分離、投入不足與浪費低效并存、績效考評和問責機制薄弱。
第二，科技三項費用以無償撥款為主要方式的財政資金支持模式不利于發揮財政資金杠桿效應，不利于擴大扶持范圍和加大扶持力度，不利于提高財政資源有效利用。目前我國政府各類科技計劃支持企業科技創新的方式雖然包括無償撥款、貸款貼息、股權投資等多種方式，但總體來看以無償撥款為主，其根本原因源于計劃經濟時期對科技三項費用使用的方向性規定。政府財政資金應從戰略和全局的高度考慮以何種方式扶持企業才能更有效提高國家整體競爭力。
第三，缺乏有效的科技經費監督管理體制，科技經費績效考核評估問責機制有待進一步完善。每年我國有超過2000億元的科研經費，但這些經費的監督管理體制基本處于自我監督狀態，缺乏有效的考核評估問責機制。我國目前也尚未建立科技政策評估修正體系和完善的政策評估機構和機制。
促進科技創新的財政政策及相關體制應進一步予以調整，一是符合企業科技創新的特點和規律；二是符合公共財政的發展要求；三是符合世界貿易組織成員國規則；四是符合提高國家競爭力的要求；五是符合我國的基本國情；六是符合全球經濟一體化的發展趨勢。
財政政策的調整原則：一是服務于國家戰略目標的原則。政府支持科技創新，必須要服務于國家整體戰略目標；二是不干預競爭原則，政府支持科技創新需要以不干預市場競爭為原則，資助范圍以競爭前研發階段為限；三是杠桿放大原則，盡可能以財政資金來吸引調動社會資金為促進企業科技創新服務，提高財政政策支持的有效性；四是分類支持原則，處于不同階段的項目，其所遇到的問題、生存發展的關鍵點是不一樣的，需要政府按照項目所處不同階段和創新形式進行分類支持，提高政策的針對性和有效性；五是以人為本原則，財政政策的設計與制定應緊緊圍繞如何提高人才的創新動力進行設計；六是系統支持原則，在制定財政政策時要貫徹系統支持的原則，政策制定者要考慮其它政策的適用范圍與內容是否沖突，有效支持企業科技創新。
在調整我國現行的財政政策原則同時，要進一步完善我國財政支持科技創新的管理體制與政策措施。首先，在科技資金管理體制上和運行機制上，鏟除“部門資源壁壘”。其次，科技三項費用實行有償撥款為主要的財政資金支持模式，充分發揮財政資金的杠桿效應。財政資金的支持模式應按照基礎研究、共性技術研究、應用研究、競爭前研發等不同類型的項目采用不同的支持模式。再次，完善科技經費監督管理體制，特別是科技經費績效考核評估問責機制要盡快完善。