中國的改革是從農村起步的，現在改革到了一個關鍵時期，而三農問題的制度創新要放在頂層設計的突出重要位置。所謂頂層設計，就是要以全局視角，準確把握與農民、農業和農村相關聯的各種要素，進行統籌協調，選擇正確的目標，制定正確的路徑，避免農民增收更加艱難，農業發展更為復雜，農村穩定更為嚴峻。
一、頂層設計應當在農村產權制度上破題，不能總是回避這個實質問題。否則，用盡補貼、免稅等辦法也只能頭痛醫頭，腳痛醫腳。
�。玻埃埃茨暌詠�，中央發了七個“一號文件”，每年都會強調一個重要的政策意圖，就是告訴農民多種糧食，為此幾乎用盡了補貼、免稅等各種各樣的扶持手段。應該說這個出發點是好的，１３億人口的大國，吃飯畢竟是頭等大事。但由于政策執行過程中出現了偏差，糧食增產不增收的狀況很普遍，全國８００個產糧大縣無一例外都是財政弱縣和農民窮縣。再看看江陰、昆山和張家港這些百強縣，沒有一個是因為種糧而強的。筆者還發現，黑龍江省７０個產糧大縣中，有４３個財政收入不足億元，有２１個還沒有摘掉貧困縣的帽子，有６０個仍靠財政轉移支付維持政府運轉。
筆者看到這種情況后心情很沉重，中央要糧食安全、地方要可用財力、農民要增加收入三者之間是有矛盾的，不設法解開這個結，產糧大縣就會認為“一號文件”是讓聽話的老實人吃虧。
筆者算了一筆賬，全國２．５億個農戶承包了１８億畝耕地，平均每個農戶的經營規模大約為７畝，人均大約為１．３９畝。但平均數不代表大多數，現在有１４個省份人均占有耕地不到１畝，６６０多個縣人均耕地不足０．５畝，也就是說這些省和縣的農戶經營規模已經很小。這些數據，不包括各地侵占耕地后以次充好的情況。我還算了一筆賬，農民種稻谷、小麥和玉米三大糧，扣除農資成本上漲因素，２０１０年的畝均凈利潤是１８５．２元。也就是說，即使按每個農戶７畝地的平均數計算，每年夏秋兩季的種糧凈利潤不到２６００元（１８５．２元×７畝×２季）。這就是農民種糧收入的家底。
從筆者去過的地方看，農民的土地有的干脆撂荒，有的租給別人，自己種地大多就為了收獲點自用口糧，并不指望從中能有多少收入。每年夏秋收獲季節，新聞媒體都會拿一兩個農民種糧食的事例進行宣傳。筆者想說的是，這種小概率事例不能證明全局。
這種情況，實際上就提出了一個頂層設計問題。增加農民收入連續七年是“一號文件”的核心目標，但年年講年年落不到實處。用農民的話說：“聽中央講話滿懷希望，看自己生活還是老樣。”農民為什么窮？窮就窮在沒有合法、穩定的財產收入。要改變這種狀況，就應該思想更解放一點，動真格地改革農村產權制度。農村產權這層窗戶紙不捅破，三農問題就只能是頭痛醫頭，腳痛醫腳，找不到發病的癥結所在。市場經濟的前提是產權清晰，但農村土地集體所有制虛化了產權主體，農民不是自己宅基地和承包地（林地、牧場）的所有者。筆者去過很多農民家庭，父老鄉親們兩手空空，除了簡單的生活和生產資料外，甚至連一件像樣的貸款抵押物都拿不出來。要知道，現在很多行業的前景都取決于農村的購買能力。農民的腰包鼓不起來，整個國家就會失去內需拉動力。
要讓農民增加收入，就必須挖窮根，把土地所有權歸還農民，在這個問題上樹根不動，樹梢白搖。
有些學者提出，把土地所有權歸還農民，有可能造成土地買賣失控，導致嚴重的貧富分化和對立。個別人還提倡一種“候鳥”模式，需要農民打工時就進城，不需要時就回鄉下種地。筆者認為這些人看問題的角度有偏頗，他們總是替農民拿主意。
其實，農民心里有桿秤，他們知道土地是命根子，怎么會簡單、幼稚到賣地謀生呢？我們必須從法律上明令禁止兼并農民的土地，優先保護農民的產權。尤其關鍵的是，所有出于商業目的的用地，必須與農民對等談判地上物請求權、自由處分權和相鄰關系權等，讓農民與開發商共享永久的商業利益，而不是像現在這樣一次性補償了事。至于公共建設用地，也應該尊重農民的意愿，或者更換其它地塊，或者按市場價給予補償。這是一步活棋，走好了就會盤活全局，困擾多年的“三農”矛盾不僅得以化解，還可以順利實現農村土地升值、農業資本盤活和農民收入增加三大目標。
現在，一些地方借口“非經政府征地，任何農地不得轉為非農用途”，肆無忌憚地侵占農民的宅基地和承包地，暴力事件給人越來越悲愴的壓迫感。針對這種情況，中央提出要明確農村承包關系的政策含義和實施辦法，要研究出臺農村土地承包經營權流轉的指導意見。筆者認為，如果不進行頂層設計，把土地所有權主動歸還農民，只能是這樣步步往后退。平心而論，房地產開發商在農民土地上蓋起的房子，一轉手就有了“合法的”產權證，這種道理是講不過去的。
二、頂層設計應當明確支持工商資本下鄉，進行適度規模經營。長期缺乏科技創新、資本投入和產業提升，導致農業基本上靠天吃飯。
以農戶為經營主體的傳統農業，根本無法承受經濟社會發展之重，十分有必要引進工商資本進行適度規模經營，讓工業反哺農業能夠真正落地，引工業之水灌農業之田。對工商資本下鄉總拿不定主意，只會造成弱勢的農業走不出困境。
筆者認為，在這個問題上應當導向明確，措施過硬，行動堅決。在山東安丘，同樣是種菜，從引導農民種什么，到培訓農民怎么種，一批企業家在這里制定了３３個生產規程、２００多個國際生產標準，建起了５０萬畝標準化蔬菜基地，產品源源不斷走向世界。
依筆者看，現在最大的問題是農民手里沒錢，農民在過去６０多年為工業化無償奉獻了３０萬個億，其中７５．１％來自工農業產品價格剪刀差，１３．２％來自農業稅，１１．７％來自銀行儲蓄。在過去３０多年里，農民還為城市化被強制剝奪了土地級差收入３０多萬個億。解決三農問題，需要下決心糾正“先工業、后農業，先城市、后農村，先市民、后農民”的習慣性做法。筆者了解到，下鄉的工商資本９０％以上都是民營企業，他們之所以選擇下鄉，是因為壟斷性行業擠壓了他們的生存和發展空間。因此，對這些企業家應該高看一眼，厚愛三分，傷害他們本質上就是傷害農民。
筆者在沂蒙山老區了解到，一畝地的花生仁產量在２５０公斤上下，出油率為５０％左右，某食用油企業能夠產出１００多公斤的食用油，比大豆、菜籽高出兩倍還多。但由于花生沒有補貼，在價格上也是隨行就市，老區農民好多年不敢種花生，該食用油企業自然也就吃不飽，設備閑置率高達４０％以上。
道理是明擺著的，給花生補貼有利于提高老區和貧困山區的農民收入，有利于開發貧瘠干旱地區的非耕地資源，有利于保障我國食用油５０％的自給目標。加入世界貿易組織后，國內外市場連成一體，農業國際競爭已不再是初級農產品的競爭，而是整個產業體系的競爭，分散的農戶很難應對這種大風大浪。類似“公司＋基地＋農戶＋合作社”的模式，筆者認為是發展現代農業的根本出路所在。
三、頂層設計應當圍繞縣城和重點鎮建設，讓農民過上和諧、富足而有尊嚴的生活，直接體現新農村建設的總體水平。
以“新農村建設”為切入點，應該說這個脈號得很準，但不足之處在于，盡管文件提出了指導性的２０字方針，卻沒有告訴村兩委干部和農民做什么、怎么做，也沒有說清新農村與小城鎮建設之間究竟是什么關系。就筆者了解的情況看，這幾年各地搞的“新農村建設”典型，通常原有經濟實力很強，有的搞鋼鋁大型企業，有的吃礦山資源老本，很少是真正從土地上站起來的。比如，個別典型主要靠大工業起步，又憑借資本優勢在房地產等領域擴張，兼并了周圍的１０多個村莊。筆者有一種擔憂，一旦處理不好利益關系，就有可能造成中心村受益，被兼并村受窮。這種情況應加以疏導和防范，否則很容易產生矛盾和沖突。
小城鎮是連接城鄉和工農的紐帶，可以讓農民過上和諧、富足而有尊嚴的生活，直接體現著新農村建設的總體水平。按照筆者的理解，小城市可以指縣城，也就是小城鎮當中的城關鎮。為了不引起歧義，應該把城鎮化制度創新的目標明確指向小城鎮，但這個意見沒有得到應有的重視。后來不出筆者所料，政策和資金繼續偏向直轄市和計劃單列市，地方政府加速偏向省會城市和地級市，筆者沒看到哪個城市真正為農民放寬進城落戶條件的，倒是看到了很多城市把權力所能控制的資源，大量投入到要地不要人的加速擴張中。從筆者掌握的情況看，國土部批準的２４個城鄉建設用地增減掛鉤試點省份，用地指標大多被中等城市拿走，并沒有按“一號文件”要求在縣域范圍內使用，也沒有用于改善小城鎮的生產生活條件，提高小城鎮的綜合承載能力。
筆者現在很憂慮的是，目前瘋了似的土地兼并，盡管不是小城鎮建設惹的禍，卻有可能把洗澡盆里的孩子和洗澡水一起倒掉。小城鎮建設剛露頭就被咔嚓一刀，“一號文件”所說的城鎮化制度創新很有可能夭折，筆者所向往的“農村—小城鎮—城市”之路很有可能中斷。我們都應該看到，２．５億外出農民工以及他們身后的８７００萬留守老人、兒童和婦女，只有小城鎮才能真正托付他們的未來。換句話說，透支未來總是有限度的。沒有什么政績、增長或者發展，值得用這些人的命運去換取。
小城鎮是所有城市的母體，這是筆者經過反復對比、認真調研所得出的結論。把新農村與小城鎮建設結合起來，筆者認為是解決農民、農業與農村問題的必然選擇。從各國現代化的一般規律看，農民通常占總人口的１０％以下，農業就業大約只占就業總量的５％以下。但中國國情不同，農民占總人口的７０％以上，農業就業占就業總量的５０％以上。如果農民下降到３０％，就要從農村轉移５億多人口；如果農業就業下降到１０％，就要從農業轉移２億多勞動力。在這樣一種基本國情的框架內，大中城市所面臨的人口、資源與環境之間的矛盾越來越嚴重，解決自身的問題已十分困難，低收入人群和邊緣人群需要更為充足的就業崗位。相比之下，只有小城鎮才能容納未來２／３的農村轉移人口。比如，北京市在確定３３個小城鎮提升服務功能后，就一舉解決了４０多萬農民就地就業難題。
當落后的農村與發達的城市并存時，農民在政策硬約束下又不能進入城市，那就會選擇縣城和小城鎮建設自己的家園。因此，以縣城和小城鎮統籌城鄉發展，是繼家庭聯產承包責任制、市場經濟體制改革之后的又一次制度變革，應上升為可持續發展的國家戰略，成為“一號文件”的永恒主題。
筆者堅持認為，城鎮化制度創新的核心內容，就是要把新農村與小城鎮建設結合起來，在這件事上來不得半點含糊，千萬不能半途而廢，一任問題日積月累而不警覺。從戶籍制度創新看，要放寬落戶條件，允許有穩定住所和收入的青壯年農民及其子女首先成為縣城和小城鎮人口，為他們提供平等的居住和就業機會，做好由土地保障向就業保障和社會保障的銜接，最終全面完成人口城鎮化。從行政管理制度創新看，對人口超過１０萬人的縣城和小城鎮，應該進行縣轄市性質的強鎮擴權試點，賦予這些鎮相應的社會管理和公共服務職能，提高基本財力保障水平，合理設置機構和配備人員編制。筆者相信，這會有利于縮小城鄉差距，國家的經濟結構、發展方式和生產力布局必然因此發生積極而深刻的變化。這也是我國所擁有的一個長遠優勢，寄托著９億農民追求幸福生活的世代夢想。
當前，收入分配中最突出的矛盾是城鄉收入差距還在拉大，農民缺少工資性和財產性收入，靠種地過不上富裕的生活；產業發展中最復雜的矛盾是農業基礎薄弱，基本上還是靠天吃飯，澇災一條線，旱災一大片；社會結構中最尖銳的矛盾是城鄉二元治理，城市像歐洲，農村像非洲，農村行路難、飲水難、看病難和上學難等狀況遲遲得不到改善。這些情況糾結在一起，困難之多、壓力之重和挑戰之大前所未有，靠某一個單項的措施很難見效。三農問題從基礎地位到重要地位，如今又成為重中之重，因此改革的頂層設計，需作出自上而下、以難帶易的制度安排，系統地解決農民、農業和農村的根本問題。