日本特大地震導致的核擴散威脅取代了地震和海嘯，成為全球關注的焦點。這也成為評估今后日本經濟損失的決定因素。
此前，由于對日本福島核電站的受損情況不太了解，人們判斷本次特大地震和海嘯所造成的各種損失仍基于自然災害的一般常識，正如日本內閣官房長官枝野幸男所言，日本的經濟基礎并未受到破壞，技術基礎還在。其言外之意是，日本經濟沒有太大的問題。但隨著核電站形勢日趨惡化，對于核擴散的恐慌正在全日本蔓延。日本經濟能否向阪神大地震一樣，用6個月左右的時間恢復過來，這個疑問越來越大。
這次巨大地震造成了多少損失，至今情況不明，據美國高盛公司15日發表的報告認為，東日本巨大地震災害造成的損失額將達16萬億日元，遠遠超過阪神大地震(當年阪神大地震造成的損失為10萬億日元)，并認為第二季度日本GDP因此會出現負增長，2011年日本實際GDP增長會因地震減少0.5個百分點。
遭受這么大的損失，重建費用從哪里來，只能發行國債，日本媒體報道說，政府有關人士透露，至少通過補充預算要籌集10萬億日元的款項，而補充預算的錢在目前稅收減少的情況下只能靠發行國債解決。日本國家債務已經超過GDP的200%，在發達國家中最差，再發行巨額國債無疑進一步惡化財政狀況，更加影響日本在國際市場的信用，從長期來看，對日本經濟極為不利。
值得一提的是，輪流停電計劃導致鐵路減少車次和商店縮短營業時間、物流混亂，汽油不足、因輻射污染各國對日本農產品失去信任，災區農業生產恢復需要時間等，都會給日本經濟帶來實實在在的影響。日本的經濟和生活秩序何時能夠恢復，現在很難預料，這種混亂在某種程度上會從根本上遏制日本經濟復蘇的勢頭。
日本福島第一核電站事故對日本發展核電、官民并舉向國外推介核電設施，把核電作為經濟增長點的既定國策也將產生重大影響。
修建核電站不僅要考慮能抗巨大地震，還要考慮到巨大海嘯，如何加強安全管理也是迫在眉睫的問題，這些問題都擺在日本決策者面前。同時，人們對日本的核設施的安全也產生了疑問，日本發展核電的既定國策有可能會因此調整，日本的核設施出口也可能大打折扣，核電能否成為日本經濟的新增長點，現在看來是一個問號。
總之，東日本巨大地震對日本經濟的影響是長期的、巨大的，日本的核技術也已露出了破綻，日本要渡過這一難關需要很長一段時間。