政府的重要職責。公共衛生服務是公共產品，難以通過市場途徑提供，需要政府無償提供。基本醫療服務應該是安全、廉價、方便、可及的，是群眾能夠承受得起的，因而要求政府舉辦的醫療衛生機構不能以市場化為導向，不能以營利為目的，不能追求利潤最大化。
調控醫療服務市場、維護人民群眾利益的客觀需要。醫療服務是特殊商品，市場難以有效調節。政府舉辦的基層醫療衛生機構在基層醫療衛生服務體系中起主導作用，能夠保障基本醫療服務的供給，起著平抑和穩定藥品價格、診療服務價格的重要作用。
維護社會公平正義的必然要求。醫療衛生資源是有限的，如果僅僅通過市場提供醫療服務，就有可能使一部分低收入群眾難以公平享有基本醫療服務，影響社會公平正義，影響社會和諧穩定。
基層醫療衛生機構公益性管理體制和新的運行機制全面建立。落實公共醫療衛生的公益性質，必須建立政府主導、體現公益性的基層醫療衛生機構管理體制。要堅持公平與效率的統一，既要徹底破除以藥補醫機制，又要避免回到計劃經濟時代的“大鍋飯”機制。基層醫療衛生機構的保障與經濟社會發展水平要相協調。因此，要全面建立一個堅持公益性、調動積極性、保障可持續的充滿活力的基層醫藥衛生體制機制。
人民群眾基本公共衛生和基本醫療服務需求得到滿足，并從降低藥品價格和改善服務中得到明顯實惠。要把滿足人民群眾基本醫療衛生服務需求、讓人民群眾得到明顯實惠作為改革的首要目標。要構建健全的服務體系，讓群眾看得上病；提高新農合報銷比例，降低虛高的藥品價格，讓群眾看得起病；改善醫療服務，讓群眾看得好病；強化公共衛生服務，讓群眾少生病。
基本公共衛生服務和基本醫療服務能力明顯增強。基層醫療衛生機構存在著醫療資源短缺、服務能力不強、群眾信任度不高等問題。因此，要著力強化基層，把更多的財力、物力投向基層，把更多的人才、技術引向基層，使基本醫療衛生服務的能力明顯增強，逐步使基層醫療衛生機構成為群眾的首選。
醫務人員隊伍結構明顯優化。基層醫療衛生機構醫務人員隊伍結構不優，不少人甚至沒有從業資格，嚴重制約醫療衛生事業發展，這是需要通過改革努力加以解決的重大現實問題。要通過改革將低素質的人員分流出去，不斷優化隊伍結構。改革后，安徽有近兩萬人分流安置，大多數是無從業資格的人員。同時有一大批優秀醫科大學畢業生通過競聘充實到基層醫療衛生機構。
只有進行綜合、系統、全面的改革，才能革除以藥補醫機制，重新構建新的基層醫藥衛生體制機制。
取消藥品加成是促進基層醫療衛生機構回歸公益性的重要環節，但如果僅僅停留在取消藥品加成上，還難以建立起新的體制機制。２００９年國家在全國部分基層醫療衛生機構建立基本藥物制度，取消藥品加成。由于基層醫療衛生機構藥品加成率差異很大，取消藥品加成進行財政補償，很難確定合理的補償標準。同時，僅僅在取消藥品加成進行財政補償上做文章，由于沒有切斷基層醫療衛生機構、醫務人員與藥品銷售之間的利益關系，沒有根除由以藥補醫機制演變而來的利益驅動機制，公益性很難實現，改革也難以持久。因此，只有系統地推進綜合改革，才能打破舊機制，建立新機制。
建立堅持公益性、調動積極性、保障可持續的充滿活力的新體制機制，是基層醫藥衛生體制機制的重大變革，需要統籌推進綜合改革才能實現。
以藥補醫機制在基層醫療衛生機構的運行中起著核心作用。實施基本藥物制度，實行藥品零差率銷售，切斷了以藥補醫機制的鏈條，建立在其基礎之上的原有管理體制、分配、人事、藥品、保障等制度失去了存在的依據，必然會引起一場涉及管理體制和運行機制的根本性變革。因此，必須統籌推進基層醫療衛生機構管理體制、人事、分配、藥品、保障等制度的綜合改革，使基層醫療衛生機構回歸公益性定位，而不是營利性的機構；醫務人員回歸到看病防病的角色，而不是經營企業的商人；藥品回歸到治病的功能，而不是賺錢的工具。
建立機制是管全局、管根本、管長遠的治本之策。推進綜合改革，必須建立改善服務、提高效率的長效機制。
推進管理體制改革，建立政府舉辦的基層醫療衛生機構公益性管理體制。將政府舉辦的鄉鎮衛生院、社區衛生服務機構定性為公益性事業單位，主要提供基本公共衛生服務和基本醫療服務。合理核定人員編制，實行總量控制、集中管理、統籌使用。這種核定編制與傳統意義的核編完全不同，實施的是定編定崗不定人，只是作為聘用人員和核定收支確定補助的重要依據。鼓勵和支持社會力量辦醫，滿足多樣化、多層次的需求。
推進人事制度改革，建立競爭上崗、全員聘用、能上能下、能進能出的用人機制。人事制度改革的核心是打破鐵飯碗。要堅持公開、平等、競爭、擇優的原則，采取招考或民主推薦的方式選聘基層醫療衛生機構的負責人，實行任期目標責任制。期滿考核不合格的，重新選聘。合理設置崗位，全員競聘上崗定期考核，優勝劣汰，能上能下，能進能出。
推進分配制度改革，建立科學公平、體現績效的考核分配機制。分配制度改革的核心是打破大鍋飯。要實行“兩考核、兩掛鉤”，建立以服務數量、質量、效果、居民滿意度為核心，公開透明、動態更新的工作任務考核機制。衛生部門組織對基層醫療衛生機構進行績效考核，考核結果與經費補助掛鉤。建立按崗定酬、按工作業績取酬的內部分配激勵機制。基層醫療衛生機構定期組織對職工進行績效考核，考核結果與職工個人收入掛鉤。
推進藥品制度改革，實施基本藥物制度，取消藥品加成。這是一項全新的制度，是讓人民群眾受益的關鍵環節。全面實施基本藥物制度，基本藥物和補充藥品由省統一網上集中招標采購、統一定價、統一配送到基層醫療衛生機構，取消藥品加成，實行基本藥物和補充藥品零差率銷售。
推進保障制度改革，建立科學合理的補償機制。政府舉辦的基層醫療衛生機構基本建設和設備購置等發展支出，由縣（市、區）政府統籌安排；人員經費和業務經費等支出通過服務收費，不足部分由政府給予補助；所有收支全部納入縣級國庫支付中心管理。
一是人員分流安置。人員分流安置涉及分流人員及其家庭的切身利益，要增強分流安置工作的透明性，充分兼顧各方利益訴求妥善安置分流人員，確保社會穩定。
二是績效考核。堅持公益性，同時避免回到大鍋飯機制，關鍵是要建立健全有效的激勵機制。實施績效工資制度是建立激勵機制的重要內容。績效工資是績效考核的結果體現，如果績效考核不能如實反映實際績效，拉不開績效差距，職工的收入水平也難以拉開差距，長期下去，就會回到“大鍋飯”機制。因此，要制定科學的績效考核辦法，從制度上保障績效考核客觀公正。
三是藥品統一招標采購配送。解決人民群眾反映強烈的藥價虛高問題，重點要探索統一招標采購配送的有效模式。近期以來，安徽研究了新的招標采購配送辦法，由省醫藥采購服務中心代表全省基層醫療衛生機構作為采購主體，主要面向藥品生產企業采購，實行“雙信封”招標制度，同時投技術標書和商務標書，并采取量價掛鉤的辦法。今年８月，安徽按照上述辦法進行招標采購，中標的藥品價格大幅度下降，效果比較明顯。