繼央視2013年11月18日報道房企拖欠3.8萬億元土地增值稅后，近日央視再度報道稱，萬科有多個項目應交未交的土地增值稅為44.34億元。萬科隨后發布公告回應說，根據相關規定，土地增值稅清算有三種情況：房地產開發項目完全竣工、完成銷售的；整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；直接轉讓土地使用權的；報道所涉及的四個項目不屬于任一條，同時表示企業預提的土地增值稅準備金為企業會計處理程序，不能作為應納稅金額的依據。
我們無意也不愿觸碰具體爭議的是非，但這一持續數月，且不斷發酵的爭議，確實暴露該稅種在定位上的模糊和征管中的困境。爭議所穿透出的一般性議題理應值得各方反思。
土地增值稅于1993年出臺暫行條例，以轉讓國有土地使用權、地上建筑物及其附著物所取得的增值額作為征稅對象，增值額的計算方法為出售房地產收入減去取得土地使用權時支付的價款、土地開發成本、地上建筑物成本及有關費用、銷售稅金等。由于房地產開發周期通常很長，計算應納稅額時需考慮上述扣除項目，往往涉及很專業的房地產財務，由此造成的過高征納成本，使稅務機關普遍缺乏主動計征的動力。因為征管難，所以各地多采取按照銷售收入百分比預征的方式，預征相對于依法應繳的土地增值稅通常偏低，而且預征之后的最后清算，在土地開發時間極長情況下，要有效量化征管條件是件復雜的事。
其實，土地增值稅復雜的清繳，需探源于以流轉稅的形式征繳財產稅或資本利得稅。土地增值稅的稅基是不動產用益權轉移時出現的收益，帶有典型的財產稅特征，但卻采取了類似于流轉稅的征繳方式，使征稅程序繁瑣復雜，稅務機關既需對企業財務了解，也需得到土地、房產管理部門的信息配合。因此，若能讓土地增值稅回歸其財產稅的本原，可能更便于征繳管理，而這也符合我國稅改航向，即逐步以直接稅取代間接稅。
土地增值是一個長期動態的過程，不止發生在房地產流通環節。而目前土地增值稅只對開發流通環節征收，而對房地產保有環節的增值收益不征，既不公平也影響土地流通與價值的提升。此外，還存在重復征稅問題。我國從2002年開始采取“招拍掛”方式出讓國有土地使用權，在這種市場定價方式中，特定地塊的未來升值已很大程度上體現在企業的出價中了，而后來計算的土地增值額主要是企業投資導致的增值，那么就應和企業收益屬于同一性質，因而與企業所得稅的功能重復。土地增值稅真正應當針對的是不因企業原因造成的土地增值，即自然增值或者政府公共投資導致的增值。
其實，土地增值稅放在房地產稅費的整合中統籌處理更為妥當。當前房地產稅費結構不合理，房地產開發、銷售過程中稅負過重，而保有環節稅負輕。當前在探討開征房產稅的過程中，應逐步取消土地增值稅，將其并入房產稅，統一對增量和存量房地產的土地增值收益征稅，同時將行政性的費用整合到更具合法性的稅收中，實現稅收中性。
因此，改革土地增值稅，厘清蕪雜的房地產稅費體系，既可降低征納成本，也可降低房地產開發銷售成本，通過增加持有成本來抑制投機傾向，從而為遏制房價泡沫化起到一定作用。