3年半時間里，虛增營業收入9.2億元、虛增營業利潤2.2億元，造假行為貫穿IPO前后……盡管劣跡在身，但萬福生科仍然頭頂“國家級高新技術企業”光環，在2012年～2014年三年間，享受15%的企業所得稅優惠稅率。
事實上，此前已有媒體質疑“萬福生科高新技術企業不合規”，認為萬福生科研發人員不足員工總數10%、研發支出不足營收3%，因此不具備高新技術企業資質。對此，萬福生科2013年5月16日發布澄清公告稱：無論研發人員占比還是研發支出占營收比例，公司均符合高新技術企業認證條件。值得注意的是，其引用的財務數據是調整后擠掉了造假部分的最新版本。
但《每日經濟新聞》記者調查發現，萬福生科的澄清仍存三大疑竇，涉嫌騙取高新技術企業資格。
此前有媒體報道稱，據萬福生科2012年年報，當年公司研發人員為18人，占職工總數比例為5%；2011年年報顯示研發人員有24人，占職工總數比例為6.15%。根據2008年國家出臺的《高新技術企業認定管理辦法》，高新技術企業研發人員應占企業當年職工總數10%以上。萬福生科連續兩年均不滿足上述條件。
對此，萬福生科在2013年5月16日澄清公告中表示，“公司各年報披露的研發人員數據僅為截止到當年12月31日的職工人數”，而根據財政部、國稅總局相關規定，“從業人數是指與企業建立勞動關系的職工人數和企業接受的勞務派遣用工人數之和”，從業人數按企業全年月平均值確定。以此標準計算，公司研發人員數量占比符合規定。
對于媒體的另一質疑，即2009年～2012年的4年間，萬福生科研發支出總額占銷售收入總額比例都低于3%，不符合高新技術企業認定條件。對此萬福生科在澄清公告中表示，公司2009年～2011年研發費用分別為1117萬元、1123.73萬元、773.31萬元，公司2009～2011年調整后銷售收入總額約為69430.99萬元，計算比例(即研發支出/營收)約為4.34%，故符合高新技術企業認定標準。
但《每日經濟新聞》記者調查發現，萬福生科上述公告不但澄而未清，反而引出更多疑竇。
疑竇之一：研發人員不足半年減少六成
公司回應：引進派遣人員后達標
萬福生科上述澄清公告，表面看言之鑿鑿，但卻不能掩蓋一個事實：研發人員迅速流失。
《每日經濟新聞》記者查閱到的萬福生科招股書顯示：“公司……現有專業研發人員59名”，招股書披露日為2011年9月14日。然而，到了2011年底和2012年底，其研發人員分別下降至24人、18人。
值得注意的是，2011年9月萬福生科尚有研發人員59人，但當年年底研發人員只剩24人，流失35人，流失比例高達六成，不足半年時間，這樣高的流失率令人訝異，尤其是在公司即將上市、理論上將迎來更大發展機遇的背景下，研發人員大規模離職更讓人難以理解。
記者注意到，在2011年年底的基礎上，2012年底公司研發人員又流失6人，流失比率為25%。
根據萬福生科澄清公告的說法，公司研發人員占比月度平均值高于10%。那么，為何2011、2012年連續兩年到了年底研發人員占職工總數比例都突降至7%以下？按照慣例，企業多在春節前發放年終獎，如果在之前的12月選擇離職，相當于放棄即將到手的年終獎金，員工通常情況下不會選擇這個時點離職。
那么，在人員大量流失的情況下，萬福生科如何保持研發人員占員工總數之比的月度平均值在10%以上？對此，《每日經濟新聞》記者致電萬福生科證券部，一位接電話的工作人員表示，公司確實存在人員流動較頻繁的問題，因此向一些合作單位引進了部分勞務派遣人員，使得研發人員達到10%的標準。
有分析人士認為，研發團隊不穩定，依靠勞務派遣，萬福生科“高新技術企業”成色不足。
疑竇之二：研發支出不達標
公司回應：調整后超過3%規定標準
根據
《高新技術企業認定管理辦法》，企業在申請高新技術資質認定時，最近一年銷售收入在2億元的企業，近三個會計年度研發費用總額占銷售收入總額不低于3%是一項關鍵考核指標。萬福生科2009年～2011年虛增營業收入數額達4.7億元，盡管虛增后財報光鮮亮麗，但也帶來了一個問題——按照高新技術企業認定條件，研發支出也要同步增長。
由于萬福生科在2009年～2011年的3年間已是高新技術企業，因此2012年需對公司高新技術資質進行復審。《每日經濟新聞》記者注意到，湖南省科技廳官方網站2012年4月10日發布通知稱，將開展高新技術企業認定、復審等有關工作，其中復審工作申報截止時間為2012年6月15日，不及時填報資料的企業將影響復審。
隨后，萬福生科在2012年年報中表示，2012年11月12日，湖南省科技廳、財政廳等四部門認定公司為高新技術企業，2012年～2014年，公司按15%的稅率計繳企業所得稅。
按照湖南省科技廳要求，萬福生科于2012年6月15日之前提交復審申報，而公司被證監會稽核發生在3個月之后。
從上述時點來看，萬福生科在提交復審申請時，最準確、最可靠的信息就是2011年年報經審計后數據，這也是公司需要向主管單位提交的數據。
萬福生科2011年年報顯示，2009年～2011年，公司研發投入分別為1117萬元、1259.32萬元和1138.9萬元；同期公司營收分別為32764.58萬元、43358.85萬元和55324萬元。以此計算，三年中公司研發支出占營收比例僅為2.67%，未達到3%的規定。
然而，萬福生科在2013年5月16日發布的澄清公告中，對上述數據計算采用了“調整后的研發支出與營業收入”，由于調整后擠掉了虛增營收，所以這一指標超過了3%的標準。
分析人士認為，事實上，湖南省科技廳等主管部門，按規定應是依據萬福生科2012年6月15日之前提交的數據來作出判斷批準萬福生科為高新技術企業的，但如今萬福生科卻用1年之后的數據來證明1年前申請高新技術企業資質的合理性。
此外，分析人士認為，即便是萬福生科所說的“調整后的研發支出與營業收入”，其可信度依然不高。因為調整后數據來自2012年年報，但這份年報的審計機構中磊會計師事務所給出的是“保留意見”，而非標準無保留意見。萬福生科也曾表示，由于中磊所證券從業資格被撤銷，公司需更換會計師事務所對調整后的財務報表進行審計，因此財務報表數據存在進一步調整的可能性。
將一組仍不確定的財務數據作為支撐高新技術企業資質的證據，萬福生科此舉實難服眾。
疑竇之三：上報研發支出非年報數據
公司回應：上報數據的確高于年報
由于萬福生科2011年年報中的研發支出占比不滿足3%的硬性指標，而從萬福生科最終獲得高新技術企業資質認定的結果來看，公司向主管部門提交的財務數據并非2011年年報數據。
分析人士認為，為達到研發支出占銷售收入之比為3%的標準，萬福生科提交給主管部門的數據不外乎有兩種處理方法：一是做低營業收入，二是做高研發支出，惟有如此才能達標。
對于上述疑問，萬福生科上述證券部工作人員對《每日經濟新聞》記者表示，公司上報給湖南省科技廳的研發費用數據，是在2011年披露的研發投入數據基礎上加上其他研發支出得出來的，兩者統計口徑并不一致，上報數據要高于2011年報數據，因此上報的研發投入占比符合3%的標準。
但對記者有關具體上報的研發費用是多少、上報數據在2011年年報基礎上具體增加了哪些內容，該工作人員未予正面回答，只是堅稱“公司符合高新技術資質”。
盡管公司不愿透露申報數據的具體情況，但在2012年年報中，萬福生科粉飾研發投入的情形還是露出了冰山一角。
萬福生科在最新的澄清公告中表示，公司2010、2011年的研發費用分別為1123.73萬元、773.31萬元。這一數據較2011年年報數據分別少了135.59萬元和365.59萬元，兩年合計減少501.18萬元。換言之，在2011年年報中，萬福生科虛增了501.18萬元的研發支出。
有分析人士質疑：萬福生科2011年年報虛增收入2.8億元，是調整后收入的一倍多，在這樣一份虛假的年報基礎上計算所得的研發費用，其可信度有多高？更何況，公司5月發布的澄清公告清晰表明研發費用支出虛增逾500余萬元。那么，公司堅稱自己“符合高新技術資質”的底氣何來？
為此，《每日經濟新聞》記者也撥打了湖南省科技廳官網公布的電話進行進一步了解，一位工作人員表示，在獲得相關材料后，將對萬福生科進行檢查，若造假事實確鑿，將按照《高新技術企業認定管理辦法》相關規定予以處理。記者注意到，上述辦法第十五條規定，對于已認定的高新技術企業，若在申請認定過程中提供虛假信息的，應取消高新技術企業資格，被取消資格的企業，“認定機構在5年內不再受理該企業的認定申請”。