5月24日晚間，上海醫藥發布《再次澄清公告》，“截至本公告日期，本公司未收到中國證券監督管理委員會和香港聯合交易所有限公司就本公司財務或其他事宜展開任何口頭或書面調查的通知。”
5月23日，因上海醫藥在職總裁徐國雄被指授意財務總監沈波財務造假、虛增利潤的傳聞，上海醫藥A股被三家機構聯袂拋售2.1億元砸至跌停，H股則盤中下挫30%，公司股票市值單日蒸發23億元。
23日晚間，上海醫藥發布澄清公司，對財務造假傳言予以否認，并強調未被證監會與聯交所調查。24日，上海醫藥A股在盤中探底10.29元后開始企穩，最終以0.74%的跌幅收盤，據盤面觀察，上海醫藥A股在尾盤時有大資金進駐跡象；H股方面的股票繼前日盤中暴跌30%后亦有企穩跡象，截至收盤，上海醫藥H股收報9.1港元/股，跌幅僅為0.11%。
為求股價企穩，上海醫藥實際控制人上實集團也通過附屬公司增持公司H股457.67萬股，占上海醫藥已發行總股份26.89億股(包括A股和H股，下同)的0.17%，增持平均價格約為8.93港元/股。至于后續增持計劃，上海醫藥公告顯示，公司控股股東一致行動人有計劃在未來12個月內以自身名義繼續增持公司股份，累計增持比例不超過公司已發行總股份的2%(含此次已增持的股份)。上海醫藥將按照中國內地及香港地區監管機構的規定履行報備程序。
市場分析人士認為，上海醫藥的二度澄清公告并無新增內容，其公告意圖不排除是出于股東方剛剛增持，以求護盤避免“進場即被套”。
不過，據記者掌握的確切信息，上海醫藥的兩次澄清公告均有玩文字游戲的嫌疑。截至目前，證監會和香港聯交所的確沒有對公司進行正式調查，但卻先后就舉報內容進行電話和書面的問詢，盡管上海醫藥稱沒有被“調查”不算錯，但卻故意回避了上述事實，對主管部門的問詢只字不提。
港交所發言人陳涓涓對本網記者表示，根據香港證券及期貨條例，對交易所的監管有保密責任，不會評論個別上市公司行為。她表示，港交所每天都會針對上市公司行為和公告，由負責公司的專案主任發出書面詢問。詢問內容皆根據證券條例做出，此類詢問并不構成調查，而調查會由證監會，而非港交所做出，港交所提供信息披露平臺，并不執法。她同時強調，港交所對所有上市公司公告采取的是“發出后再審閱”的程序，即公司發布公告前港交所不會審批，但若公告涉及不實內容，不僅違反了證券條例，“如情節嚴重，可視為違法，要負上刑責的。”
據記者掌握的書面材料顯示，香港聯交所分別于4月27日和5月10日，兩次就舉報內容的疑點要求公司做出解釋，并向公司發送了書面傳真。4月27日，港交所發函要求上海醫藥披露與新亞所收購的新先鋒知識產權相關的營業收入和利潤的數據，并詢問收購安排是否構成對招股書有關新先鋒承諾事項的改變；5月10日，港交所發函詢問舉報信中關于上藥收購常州康麗有關質疑是否屬實，主要針對常州康麗是否僅是一家外包制造企業、其是否擁有產品的知識產權等。
上述兩點恰恰是上海醫藥被指稱財務造假的核心內容。2011年9月，上海醫藥斥資15億元完成新亞藥業的收購，今年3月，上海醫藥再度出資2300萬元收購新先鋒商標、專利等無形資產。2011年下半年其，由于國家實施嚴厲的抗生素限用政策，造成抗生素全行業滑坡。對比哈藥股份、華北制藥、東北制藥、魯抗醫藥2011年三季報和年報的數據，均可發現，上述公司的利潤在第四季度出現大幅下降甚至虧損，其實便是抗生素市場政策因素所致。上海醫藥新收購的新亞藥業卻一枝獨秀，實現全年盈利1億元的驕人業績，尤其是在第四季度實現利潤5000萬元。
據上藥系統內部深喉舉報，新亞藥業于2011年度通過三項費用(管理費用、財務費用、營銷費用)分攤、收取技術服務費和銷售代理費用等多種手段向新先鋒轉移成本費用、確認營業收入，兩項合計凈增新亞藥業稅前利潤近6000萬元，但上述交易中部分費用并未實際發生。內部深喉提供的一份《利潤轉移明細表》顯示，新先鋒2011年向新亞藥業共轉移利潤5872.25萬元(稅前)，扣除15%的所得稅后，影響利潤計4991.42萬元。
另據上藥集團對上海醫藥的《承諾函》顯示：據上藥集團抗生素業務重組安排，上藥集團將持有的新亞藥業合計96.9%股權和上新華康100%股權轉讓給上海醫藥。上藥集團對上海醫藥承諾：若轉讓出去的新亞醫藥業未來三年所產生的凈利潤達不到1.0533億元、1.0817億元、1.0951億元，上藥集團將向上海醫藥以現金方式補償相應差額，三年累計補償金額不超過人民幣1.2億元。也就是說，有了《承諾函》的存在，新亞藥業在理論并無“虛增利潤”的動力。不過，舉報人士卻透露稱：“奧秘在于上海醫藥在2011年確立的超額利潤分成機制，以年初確定的考核利潤基數為基礎，超過部分管理層可按照一定百分比分成，這就是徐國雄、沈波等虛增利潤的動因。”
舉報人還指稱，上海醫藥今年3月公布的出資2315萬元收購新先鋒持有的專利、商標、專有技術等無形資產。該項交易完成后，新先鋒將不再從事藥品生產經營，其名下所有藥品批文、在研品種和生產許可證均轉入新亞藥業。同時，新亞藥業還將收購新先鋒存貨，租賃其土地、廠房、設備用于生產。“這項交易實際上是將新先鋒的主營業務全部轉讓給新亞，但上海醫藥僅僅按照普通資產收購交易披露，并未披露新先鋒的業務資料、產品信息及財務數據。”內部深喉稱，由于受到國家限抗政策的影響，新先鋒2011年虧損超過1個億，但“在行業限制政策日益嚴峻的形勢下，上海醫藥這種不提供基本業務資料的披露方式，讓投資者難以判斷這項交易對上海醫藥未來前景的影響，另一方面也為操縱利潤提供了便利條件。”
上海醫藥H股上市時曾承諾，將于上市首年實現凈利21億元，不過，上海醫藥最終交出的答卷是20.4億元。公司解釋稱，這是由于有1億元的外匯損失所致，這一說辭被港交所暫時“讓過”。不過，若是上海醫藥虛增利潤屬實的話，扣除“虛增”部分的近5000萬元，則上海醫藥于當年僅實現19.9億元的凈利，即使將1億元的外匯損失考慮在內，亦未達21億元的凈利水平。
上藥系統內部高管向記者坦承，“之所以將舉報材料在送達證監會和香港聯交所后，又抄送各大財經媒體，并主動約見媒體記者，就是希望通過媒體將信息發布出去，逼宮主管部門介入調查。因為上海醫藥在2010年的三合一重組案例被證監會視為成功典范，在上海本地又是龍頭企業，若無外界輿論的關注，舉報材料極有可能被主管部門出于中國特色的情面邏輯，而‘大事化小、小事化了’，最終不了了之。”