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1993年起在海外媒體工作，其間對中國環境和資源狀況做跟蹤研究。完成《中國水危機》一書，闡述中國七大流域面臨的水資源問題及其對流域內經濟、社會和生態環境構成的威脅，提出中國一些地區可能陷入水危機，分析造成水資源困境的根本原因，倡導對江河生態的保護和對水資源的可持續地利用。該書1999年底由中國環境科學出版社出版，英文版于2004年在美出版。
2000年任SCMP網絡公司北京代表處首席代表，負責協調網站在華業務，組織中國報道，同時為報紙撰寫環境專稿。2002年加入博信國際咨詢公司，為在華海外投資企業提供有關中國環境、健康和安全(EHS)相關政策和法律的咨詢服務；為跨國企業在華的供貨商制定企業社會責任標準和評價體系，并以其開展環境、健康、安全和勞工權益的審核。
2004年入選耶魯大學世界學人項目(Yale World Fellows
Program)，其間對中美環境管理體制作比較性研究，并向美國各界人士介紹中國面對的嚴峻環境挑戰，以及中國政府和公眾為保護環境付出的巨大努力。2005年6月回國后，繼續致力于江河生態保護的工作；同時撰寫文章，探討中國環境和資源管理體制變革方向和可行出路。
2006年6月，出任公眾與環境研究中心主任，致力于推動環境信息公開和污染防治。先期領導開發了一個水污染公益數據庫，匯集和整理全國各省、市水質信息、排放信息和污染源信息，通過“中國水污染地圖”網站，
提供給公眾使用。
馬軍因開發出中國第一個水污染公益數據庫，發布“中國水污染地圖”而被評選為2006年綠色中國年度人物。
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