日本多數地區降水豐富，還經常遭遇臺風帶來的強降雨，因此東京、大阪等大城市十分重視防澇問題。一方面重視城市規劃，充分發揮城市水系的防洪功能，增加市內綠地和砂石面積以吸收雨水；另一方面長期投入大量人力、物力和財力，建設較完善的城市排水設施。目前，東京等地的下水道系統已進入新的建設階段，著重增強設施的可靠性、環保性和多功能應用。
排水工程建成后浸水房屋減少
東京和大阪等城市多河流，以東京為例，不僅主要城區周圍有江戶川、荒川等較大河流，城區內還有目黑川、澀谷川等小型河流。為防止城市內澇，東京充分利用城市水系的防洪功能，讓大量降雨流歸河道，典型例子就是“首都圈外圍排水工程”。
這一排水工程由日本政府國土交通省建設，于1992年開工，2002年部分發揮作用，2006年完工，總投資2400億日元(約合180億元人民幣)。工程主體包括總長6.3公里、內徑10米的地下管道，五處單個容積約為4.2萬立方米的儲水立坑，以及一處人造地下水庫。
為防止當地中小河流在強降雨時漫水造成內澇，并充分利用中小河流的溢洪功能，在當地中小河流的適當位置修建儲水立坑。立坑之間由地下管道相連，管道最終通向位于東京都附近河流江戶川旁邊的地下水庫。
水庫容積約有數十萬立方米，可以起到存蓄洪水的作用。水庫還裝有四臺由航空發動機改裝的高速排水裝置，單臺功率達14000馬力，全部開動時，可以200立方米/秒的速度向江戶川內排出洪水。
在出現強降雨天氣時，城市內部的下水道系統將雨水排入附近中小河流，中小河流水位上漲后溢出的洪水則進入立坑和管道，最終流入江戶川。
整個工程一方面具有龐大的蓄洪容積，系統總儲量為67萬立方米，另一方面又有很強的泄洪能力，因此一投入使用即發揮巨大作用。在建成后的當年，該工程所在流域雨季浸水的房屋數量即從最嚴重時的41544家減至245家，浸水面積從最嚴重時的27840公頃減至65公頃，對于東京都東部及外圍地區的防洪發揮了重要作用。
日本各地政府很重視在城市規劃過程中保留河道和湖泊，為城區蓄洪溢洪留足空間。在東京市內，除了河面在20米左右的目黑川等河流，還時常可以看到河道寬度僅有三至五米的小河，其河道被下挖硬化，岸壁較高，連接鄰近地區的雨水管道，蓄洪泄洪能力較強。
在東京等大城市，城市規劃部門還重視綠地、砂石地面的吸收雨水作用，盡量減少地面硬化面積。近年來，日本不少地方政府把路面逐漸改變為環保的透水瀝青。在一些公園的小廣場、水池等設施下，還建有小型的蓄水池，容積通常為數千立方米，用于雨季存水。
投巨資完善下水道設施建設
日本地方政府普遍把下水道設施的建設和管理作為重要事務，并投入大量資源。以東京為例，東京都的城市下水、排水設施由公營企業“東京都下水道局”負責。下水道局是東京都政府僅有的三家主要公營企業之一，另外兩家分別是運營部分地鐵線路的交通局和負責自來水供應的水道局。
東京都下水道局注冊資金達4.16萬億日元(約合3120億元人民幣)，擁有約3500名員工，每年財政支出約合人民幣520億元，其中設施建設費用約合人民幣100億元，設施維護費用約合人民幣120億元。人力、物力和財力的巨大投入，是東京建設完善下水管網系統的基本保障。
目前，東京都的下水道總長度已達1.58萬公里，市內各處建有20處污水處理設施，日污水處理能力達556萬立方米。如今在東京，強降雨有時仍會引發個別地區的小型內澇，但在中心城區不至于內澇成災。
為了能夠長期維持投入水平，日本中央和地方政府采取了多種措施。在東京，下水道局每年可從國家財政、東京都政府和基層政府獲得約合70多億元人民幣的補貼；每年可以發行大額企業債(2010年度約合95億元人民幣)，以未來收取的下水道使用費等作為償債保障；每年可收取約120億元人民幣的下水道使用費。
由于連年的巨額投入，下水道局年收入的一半以上都要用于還債或支付利息，未來很可能被迫上調下水道使用費。
在東京等大城市，市政部門在解決下水道全面覆蓋問題后，已進入新的建設階段。一方面提高下水道工程質量，力爭全面消除“內澇”現象；另一方面以更高標準建設、利用下水道管網及設施，實現“可靠”“環保”和“多功能”。
東京都下水道局的具體做法有：加強抗震能力，確保下水道設施在地震時仍可使用；利用下水道管網鋪設光纜，提供通訊服務，收取費用填補財源；建設環保型污水污泥處理設施，進一步提高排水口周邊的自然水體水質，并利用循環水補充城市水系水源；利用污水處理設施修建城市休閑空間，例如，在部分占地較廣的地下污水設施所在地，下水道局利用地表空間修建了公園、游樂場以及球場等。