以長江航運為代表的內河航運，是我國綜合運輸體系的重要組成部分，在國民經濟發展中具有重要作用。但目前長江航運發展受多重因素制約，其綜合效益未得到充分顯現，進而影響到長江經濟帶的整體持續發展，應當引起國家有關方面的高度重視。
1.建設投入嚴重不足。內河航運作為節能、環保、傳統的運載方式，在進入高速便捷的時代后，其重視程度受到嚴重削弱。據統計，自“九五”以來的15年間，全國內河航運完成投資不足1000億元，而同期公路完成投資50000多億元，鐵路完成投資20000多億元。2009年，國家對整個長江干線的投資8.13億元，僅相當于修建一條10公里的高速公路的投資量。投入不足直接導致了長江內河航運的基礎設施建設嚴重滯后。目前，下游航道不能滿足進江海輪大型化的要求，中游航道枯水季節滯航、礙航現象突出，大量的船舶都要減載通過，上游三級航道的延伸任務尚未完成，原設計萬噸級船隊常年到達重慶港僅是一個設想。同時，各地港口建設欠帳多，規模小、功能單一，大多數港口僅限于傳統的裝卸和集疏運中轉業務，不適應發展現代港口物流的需要。特別是三峽庫區在原有港口碼頭被淹沒，按照“原規模、原標準、原功能”的原則進行搬遷后，其附屬設施建設嚴重滯后，港口運行十分困難。
2.管理體制障礙突出。內河航運管理一直沿襲著計劃經濟時期的管理架構，其多頭管理帶來的體制性障礙，已經成為影響航運發展的重要因素。就目前長江航運的管理層次看，交通運輸部門設有長江航務管理局、長江海事局、長江航運公安局、長江航道局、三峽通航局、中國船級社、各省市港航局、地方海事局、船舶檢驗局等；公安部門設有水上公安分局、水警總隊、水上派出所等。其中相當一部分管理職能交叉重復，多頭管理又帶來部分管理“真空”。據調查中航運企業反映，工作中時常面臨重復檢查、重復收取管理費用，而有困難又不知找哪個部門反映解決。如一些部門得用管理職權，強行要求各船舶安裝本系統的GPS，造成一艘船要安裝2臺GPS的現象，既浪費資源，又加重了船主負擔。
3.三峽工程船閘通行能力不足。按照三峽工程建設的設計要求，三峽船閘的單向通行能力是5152萬噸，而實際上，2009年共運行閘次8082個，通過船舶5.2萬艘次，旅客近80萬人，貨物6089萬噸，設計預期與實際通行能力存在較大差距。且按照原設計，客船通過船閘使用升船機，但至今尚未建成，以致造成客貨爭過船閘的擁阻現象，貨船排隊候閘時間往往需要十幾小時才能通行。這一問題隨著經濟社會發展將更加突出，預計2015年三峽大壩過壩貨運量將達到1.3億噸，2020年達到1.85億噸，由此可見三峽大壩的過閘問題已成為長江航運發展的“瓶頸”，制約。
4.航運企業運行發展艱難。這一問題在三峽庫區尤為突出。一方面，原有國有和集體航運企業經歷移民搬遷后，因遷建投入與補償差口較大而被迫關破。另一方面，由于大江截流和船閘建設造成的長江航道多次停航、斷航、翻壩等原因，致使現有企業長期處于半停產狀態，經營難以為繼。加之近年來有關方面大力推行船舶標準化改造、GPS安裝、污水處理設備安裝等，需要較大的資金投入，而金融機構對航運行業的資金投放偏緊，中小航運企業融資十分困難，后續發展舉步維艱。
1.從推行低碳節能出發，著力加大對長江內河航運的投入力度。建議國家發改委、交通運輸部應根據我國經濟社會發展的需要，及時調整對內河航運發展的政策，突出內河航運發展在“十二五”規劃中的重要地位，切實加大重視和扶持力度。應加快長江航道地整治步伐，盡快解決中游航道“梗阻”問題，確保航道暢通。盡可能地在三峽庫區布局重大航運交通基礎設施，積極幫助庫區引進一定規模的航運企業，促進庫區乃至整個長江航運的快速發展。
2.加快推進長江航運體制改革，從完善體制上保障長江航運健康發展。國家交通部門、公安部門應統籌長江航運管理，分別將長江海事和地方海事，中國船級社和地方船檢機構，長航公安局和地方水上公安局合并，減少管理機構，解決多頭管理問題。
3.多方面解決三峽船閘通過能力不足問題，緩解船閘瓶頸。國務院三峽建設委員會辦公室應督促有關方面盡快開放三峽專用公路，對滾裝船實行長期翻壩運輸。應提早規劃修建秭歸至宜昌連接漢宜高速的高等級公路，擴大客貨翻壩運輸。加快升船機建設步伐，大力推進船舶標準化改造，提高船閘利用率。
4.進一步強航運管理部門的服務意識，為內河航運發展保駕護航。采取自上而下的強化教育，牢固樹立起管理部門為發展服務的意識，盡量減少不必要的檢查、培訓、審核次數。對于為了安全必須進行的檢查、培訓、審核，應降低收費標準或免費進行，切實減輕企業負擔。