占全國內河航道里程一半以上、貨運量超過60%的長江黃金水道，近年來航運發展進入一個快速增長期，但受資金、政策等瓶頸制約，長江巨大航運潛力沒有得到充分釋放，航運優勢未能得到充分發揮。
隨著長江沿江經濟的快速發展，特別是長江流域外向型經濟和集裝箱運輸的快速增長，近年來，長江黃金水道的航運發展明顯表現出一種不適應。
交通運輸部長江航務管理局局長唐冠軍接受《經濟參考報》記者采訪時說，這種不相適應，已成為現階段長江航運發展的主要矛盾，制約和限制了長江航運潛力的釋放和優勢的發揮，主要表現在：
一是干線航道通過能力不足，航道網絡化水平不高。目前，長江下游航道水深不足，限制了進江海輪的尺度，制約了外向型經濟發展；中游航道尚未得到系統整治，枯水期滯航、礙航現象時有發生；上游三級航道的延伸任務還比較艱巨；支流航道等級普遍較低；干支聯動建設機制尚未完全建立。
二是長江干線港口的利用效率有待提高，港口規模偏小，功能單一，分工協作機制尚未形成。目前，長江大多數港口僅限于傳統的裝卸和集疏運中轉業務，規模化、專業化、樞紐化水平不高，不能適應發展現代物流的需要。
三是船舶運力結構不盡合理，長江干線船型標準化程度較低，船舶平均噸位小，技術水平不高。2008年，在長江干線船型標準化程度最高的三峽庫區，船型標準化率僅為21.9%，干線貨運船舶平均噸位約800噸，遠低于歐美國家的1400噸左右的水平。
另外，信息化水平不高，安全監管、人員救助和應急反應等航運支持保障能力不足，航運企業的運輸組織能力欠缺等，也都在一定程度上影響了長江航運優勢的發揮。
唐冠軍說，歸結起來，原因主要有兩個方面，一是國家建設資金投入嚴重不足。以長江干線航道基本建設投資為例，從新中國解放到“九五”期以前，國家用于長江干線航道建設的資金僅9.1億元，“九五”期和“十五”期都為17億多元，“十一五”期的前四年(2006年-2009年)有了一次大的提高，翻了一番多，達42.9億元。截至2009年，長江干線航道建設投資總額為76.46億元，與同時期的公路和鐵路建設投資不可同日而語。
二是缺乏政策支持。從世界航運發達國家的成功經驗來看，除了資金投入，必要的政策支持非常重要，包括國家總體規劃、決策執行機構設置、產業政策扶持及相關法律法規支撐等。
據《經濟參考報》記者了解，目前，我國沒有航運法、航道法，長江航運也沒有列入國家總體規劃，在沿江綜合運輸體系中的主骨架地位還沒有在國家出臺的有關政策中得到明確和充分體現。記者在長江沿線采訪時發現，隨著沿江新一輪開發熱的興起，長江沿線地區發展長江航運的熱情和期望很高，需求旺盛。
長江航道部門介紹，與公路與鐵路等運輸方式相比較，長江航運不僅具有占地少、運能大、能耗小、污染輕、成本低等優勢，而且具有極大的交通運輸潛力，比較優勢不可替代。江蘇省發改委沿江辦主任陳愛平告訴記者，目前，長江南京以下航道斷面船舶日流量高峰時可達3000艘以上，貨運量相當于8條滬寧鐵路、6條滬寧高速公路，潛力巨大。
目前，長江航運的投資靠國家，收益在社會，企業、社會和地方政府投資長江航運建設的積極性受到限制；再加上涉水涉航管理部門多，各自為政，沿江省市地區間政策壁壘五花八門，地方保護突出，這都影響和干擾了長江航運的健康發展。
業內人士建議，一方面，在國家層面上建立新的決策和執行機構，如組建長江航運委員會，或者組建長江黃金水道建設辦公室，為長江航運發展提供強有力的組織支撐；另一方面，充分調動企業、社會和地方政府的積極性，形成政府積極支持、行業主動作為、社會普遍參與的長江航運發展新格局。