調動科研機構轉化技術成果的積極性，是推進科技成果轉化的重要前提。專家建議各級政府科研管理部門應以提高經濟效益的整體目標立項，構建企業為主的應用研究投入體系，從而全面打破科研活動“閉門造車”的狀況。
立項 變“學術思維”為“市場思維”
專家認為，某一個應用技術項目應不應該立項、立項時機是否恰當、應該投入多少經費，這些問題企業往往比專家更清楚。在科研項目指南的確定和立項評審中，讓相關領域有代表性的企業負責人有更多的發言權，可以減少“學術思維”主導帶來的立項誤區。
目前我國各地許多應用型科研項目的確立，大致要經過征集建議、發布項目申請指南、科研機構或企業申報、專家評審4個環節。北京大學教授周治平、北京長城企業戰略研究所市場總監張建寧、北京網秦天下科技公司首席運營官史文勇等人認為：這種立項體系，表面上看是公平、公正的，但因為“裁判權”主要掌握在專家組手中，專家可能在技術上是權威，但在市場應用的判斷上未必很準確。因此，科研立項的主導思維很大程度上還是“學術思維”、“專家思維”，缺少“市場思維”。
北京長城企業戰略研究所市場總監張建寧說，在我國通信行業，華為、中興、大唐電信公司參與、甚至主導了很多科研項目，使這些項目較快地進行了市場化應用。比如我國第三代移動通信空間接口技術標準TD-SCDMA的研發和運用，由大唐電信公司牽頭與17座高校和科研院所共同實施，使這一技術比較順利地進入了應用領域。
改變科研課題“單打一”，也有利于科技成果價值的實現。專家指出，一個產品的研究，往往包括多項科技成果。為了促進科技成果轉化，應改變目前科研項目大多以單個環節、單項技術指標立項的辦法。
據記者了解，《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006-2020)》確定的重大科技專項研究，就是為了實現國家目標，通過核心技術突破和資源集成，在一定時限內完成重大戰略產品、關鍵共性技術和重大工程。這種方式有效地改變了課題研究的分散性、割裂性，應該推廣到所有應用研究的立項當中。
投入 變“重應用”為“重基礎”
政府加大科研投入是件好事，但目前政府投入有“重應用研究、輕基礎研究”的傾向，使應用研究的“皇糧”增長過快，不利于調動科研機構“眼光向下”轉化成果的積極性，不利于讓企業成為技術創新的主體。
2008年我國研究與試驗發展經費總支出達到4616億元，比上年增長24.4%，其中，國家財政科技經費投入與國內生產總值之比達到了1.54%，較前些年有了明顯提高。
隨著國家科研經費的增長，有充足的項目可以申報成功，實驗室就缺少把技術轉移出去、面向市場謀求科研經費的壓力和動力。記者了解到，因為這個原因，許多高校往往組織“很強的班子”跑部門、爭項目，但對外技術轉移工作卻十分薄弱。
陜西省科技廳廳長張煒說，美國高校基礎研究的經費比重在2/3左右，我國政府投入高校的研究經費中，基礎研究的比例遠遠低于這一比例，應用研究經費比例又遠遠高于美國高校。
北大信息科學技術學院教授周治平等人認為，國家科研經費增長的同時，應該把更多的資金用于基礎研究，或者提高對企業技術創新的投入引導，從而讓企業成為應用技術研究和轉化的主體。
北京數碼視訊科技公司總裁助理周昕、北京依科曼生物技術公司董事長杜進平等企業負責人反映，目前政府部門的科研項目和經費更愿意給高校、科研機構，一大原因是它們屬于科研、教育系統，即使項目失敗了大家也沒責任，但如果項目給了企業，會有更多的“責任風險”。
杜進平說：“為了讓科技投入更有效，應該打破這種思維方式。因為客觀來講，企業對資金的使用效率往往高于純科研機構。”
“沒有市場前景的技術研究，企業一般是不會做的，如果讓更多的研究機構‘為企業打工’，科技成果轉化的難題就會迎刃而解。”西電電氣公司科技技改部副部長何利利說。
驅動 從“找部長”到“找市場”
在我國，最近十多年來，應用型科研院所大多從事業單位向企業轉制，從“找部長”到“找市場”，實現了科研與市場的對接。但很多政策的規定過于籠統，科技成果轉化在操作上存在一定障礙。
在美國，20世紀70年代末，曾出現科研優勢沒有轉化為經濟優勢的嚴重問題，原因主要是：根據當時美國法律，聯邦政府資助的科研成果所有權歸聯邦政府，大學等科研部門沒有轉化的動力，而且聯邦政府的技術轉讓非常復雜。直到1980年，美國聯邦政府擁有2.8萬個專利，而用于生產的僅占5%，高校每年獲得的專利不到250項。
為了扭轉這種局面，美國從1980年到1987年出臺多項法案促進科研成果商業化，核心法案是《專利與商標法修正案》(即《拜杜法案》)。這一法案規定，聯邦政府資助大學研究所獲得的知識產權所有權轉移給大學，政府不享有直接回報。此舉促成了“硅谷”等一批以高校智力資源為依托的高技術產業新城。2001年，美國高校簽訂技術轉讓合同4000多項，轉讓費10億美元，企業對高校的科研資助，也從1985年的6.3億美元，提高到22億美元。
在我國，最近十多年來，應用型科研院所大多從事業單位向企業轉制，從“找部長”到“找市場”，實現了科研與市場的對接。中國重型機械研究院有限公司副總經理張江安說：“改制以來，我們既是科研院所，又是科技企業，科研活動都是面向市場的，轉化率可以說是100%。”
西電電氣公司科技技改部副部長何利利說：“科研院所改制的效果說明，科研機構從事的應用型研究，要真正實現價值，就應該真正以市場為導向。”
我國1996年的《促進科技成果轉化法》、1999年的《關于促進科技成果轉化若干規定》、2002年《關于國家科研計劃項目研究成果知識產權管理的若干規定》等，出臺一系列措施，激勵廣大科技人員促進科技成果轉化。但很多政策的規定過于籠統，操作上存在一定的障礙。
北大科技開發部部長姜玉祥說，高校在落實這一規定過程中，就面臨程序太復雜的障礙，科研人員或學校若想以技術入股的形式與企業合作，從專利技術評估到領導簽字，再到走完財務部門審批及招拍掛等一系列程序，耗時長、效率低。
比如北大曾執行過一個人工耳蝸的科研項目，是中國和古巴兩國領導人確定的，北大把這項項技術進行評估、報批、知識產權轉移等手續辦完，程序走了近半年時間。
北京工業大學副校長侯義斌、北京科學技術研究院黨委書記李永進認為，我國應考慮制訂專門的《技術轉移法》促進高校轉移技術，還應該對已有的相關法律進行梳理，對不能有效促進自主創新的政策、規章以及各級政府部門的行政程序應該簡化甚至取消。